1、首先需要安装Cufflinks软件：
执行命令： gffread **.gff -T -o **.gtf
例如：gffread test.gff -T -o test.gtf
安装Cufflinks的步骤：
1. 为了安装Cufflinks，必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。
$ tar jxvf boost_1_53_0.tar.bz2
$ cd boost_1_53_0
$ ./bootstrap.sh
$ sudo ./b2 install
2.安装SAM tools（前面已经介绍了samtool的详细安装步骤）。
$ tar jxvf samtools-0.1.18.tar.bz2
$ cd samtools-0.1.18
$ make
$ sudo su
# mkdir /usr/local/include/bam
# cp libbam.a /usr/local/lib
# cp *.h /usr/local/include/bam/
# cp samtools /usr/bin/
3. 安装 Eigen libraries。
下载Eigen
$ tar jxvf 3.1.2.tar.bz2
$ cd eigen-eigen-5097c01bcdc4
$ sudo cp -r Eigen/ /usr/local/include/
4. 安装Cufflinks。
$ tar zxvf cufflinks-2.0.2.tar.gz
$ cd cufflinks-2.0.2
$ ./configure --prefix=/path/to/cufflinks/install --with-boost=/usr/local/ --with-eigen=/usr/local/include//Eigen/
$ make
$ make install
5. 可以直接下载Linux x86_64 binary。不需要上述繁琐步骤，解压后的程序直接可用。