悖論本質上是一種因爲自己描述自己而導致的矛盾，而真實世界中是不存在矛盾的，矛盾只存在於命題與命題之間，而不存在於事物之間（無矛盾原理），因此真實世界中不存在悖論，例如無堅不摧的矛和堅不可摧的盾事實上不可能同時存在。矛盾之所以會困擾人類在於人類能夠思考那些不存在的事物，換句話說矛盾只存在於人類的思維層次中，只有當人類有目的地看待世界時纔會發現矛盾，而對於漫無目的的真實世界而言，事物有矛盾就讓它不存在，不需要去思考。因此人類思維和真實世界本身是存在矛盾的，悖論使人類困惑在於不僅它導致人類思維內部出現矛盾，而且使人類發現人類思維和真實世界存在矛盾。
舉例來說，我們認爲排中律是正確的，即一個事物非真即假、非假即真，但是真實世界中並非如此，“真”和“假”本身沒有明確的界限。贗品雖然是假的，但是在一定程度上能夠起到和真品同樣的效果；假話雖然是假的，卻是真的假話；“不可描述”本身就是一個描述……“真”和“假”是混合在一起的，例如“這句話是假的”，這句話一半真一半假，如果認爲它非真即假那麼必然導致矛盾。宇宙中不存在完全對立的事物，因爲事物不管怎麼對立都是宇宙的一部分，至少這一點是相同的。“對立事物”甚至還是互相依存的，“真”以“假”爲自身存在的前提，如果不存在“假”也就不需要產生“真”這個概念。
我們還可以反過來思考，如果“真”和“假”有明確界限的話，那麼這個界限本身屬於“真”還是“假”？雖然我們能夠想象出一條沒有寬度的界限，但是事實上界限不可能沒有寬度，而且即使真的沒有寬度，在界限附近的事物有本質區別嗎？從更大尺度看，用一條足夠粗的界限能夠將我們認爲的“真”和“假”都包含在內，此時“真”和“假”都處在模棱兩可的狀態。當然可以把界限歸爲“假”然後劃分出“真”和“非真”，但是這時又出現了“真”和“非真”的界限，界限是無法消除的。
除了人類思維和真實世界對“真”和“假”的認識差異外，還有對“無限”和“有限”的認識差異，在有限的世界中思考無限是矛盾的根源。很多悖論都和無限有着密切聯繫，從古希臘的芝諾悖論（阿基里斯追不上烏龜、飛矢不動等），到第二次數學危機（無窮小量是不是零），都是和無限有關。真實世界是有限的，而如果考慮無限，雖然在人類思維中可能不存在矛盾，但是仍會出現和真實世界不一樣的情況，從而導致悖論。
當然，人類思維和真實世界不一樣並不是必然導致矛盾，如果人類不去思考那些“不存在”的情形，甚至能夠比真實世界更加沒有矛盾，但是這樣人類也就失去了存在的意義。
悖論作爲一種矛盾，它的特殊之處體現在它的矛盾來自於自指。很多事物都在一定程度上忽視了自身的存在，默認自身是一個旁觀者，但是事實上自身也是自身作用對象的一部分。例如用語言去描述世界時，因爲語言本身也是世界的一部分，所以必然出現用語言描述語言的情況。語言層次和世界層次是分離的，但是又在“語言”這個點重合，這種層次分離與重合是自指的本質。這就像下面這幅畫，一般來說，背景是用來襯托主體的，傳遞的信息量遠低於主體，但是在這幅畫中，背景本身也表達了和主體同等的信息量，背景層次和主體層次本來是分離的卻又重合了。主體本來認爲自己的地位是無法撼動的，但是發現自己導致自己的地位被背景撼動。
再來看看貝里悖論（Perry's Paradox）：“不能用少於20個字確定的最小自然數”，這句話確定了一個自然數，但它本身又少於20個字，說明這個自然數能被少於20個字確定。這句話確定了一個數又因爲它自身而否定了這個數。這句話本來是以旁觀者的角度描述一個數，但是發現自身其實不只是旁觀者，而且是直接參與者，直接導致了這個數不存在。導致這個悖論的原因是旁觀者層次和參與者層次重合了。這種重合不一定產生悖論，悖論還有一個條件是自我否定，例如如果改爲“不能用少於17個字確定的最小自然數”可能就是對的了。
正如前文所說，宇宙中不存在完全對立的事物，那麼語言在描述其他事物時在一定程度上也是在描述自身，只不過沒有突出體現而已，也就是說自指是一種特殊情況，在於描述主體和描述對象重合。同樣的，矛盾在於兩種或以上條件無法滿足，也可以理解爲兩種或以上不利條件重合了。因此自指和矛盾是存在聯繫的，二者又在悖論上重合。
只有宇宙大爆炸前的奇點是絕對的無矛盾和自指，大爆炸之後就再也找不到完全相同的事物了，而且事物的時間和空間也出現了差異，在這種情況下想要用一種事物描述另一種事物必然會存在偏差，例如人類這種事物去理解其他事物就會遇到一些矛盾的情形。即使是同一個事物，該事物自身是對自身的唯一描述，一旦自身開始以另一種方式（比如語言）描述自身，那麼就會導致自指，這個過程隱含着不可避免的矛盾，因爲描述方式和描述對象是不完全一樣的。層次分離有兩種：一種是事物的分離；另一種是同一事物的描述方式的分離。悖論本質上是因爲這兩種層次分離而導致的矛盾。