預測RNA二級結構

RNAfold是預測序列二級結構的軟件。

• RNAfold有一個在線網址：RNAfold web server
  http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
• 也可以下載下來，並且使用R語言調用軟件，如下所示：

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rm(list=ls())
library(LncFinder)
library(stringr)
miRNA_sequence <- 'GAGACGGAGGGCCCAUGGAACUUACAGAAGAAGUUGUUGAUGAGUUCAUGGAAGAUGUCCCUAUGUCGA'
# ### Windows:
RNAfold.path <- 'D:\\soft\\rna\\RNAfold.exe'
miRNA_struct <- run_RNAfold(miRNA_sequence ,                  
                            RNAfold.path = RNAfold.path,                     
                            parallel.cores = 4)


miRNA_struct <- miRNA_struct[2,]
miRNA_struct <- as.character(miRNA_struct[1])
miRNA_struct
[1] "..((((.((((((((((.(((((((((.........))).))))))))))).....).)))).)))).."

下面生成的dock-backet格式就是預測得到的RNA二級結構

[1] "..((((.((((((((((.(((((((((.........))).))))))))))).....).)))).)))).."