ddPCR--数字微滴PCR

今天是参加简书的“日更挑战”第一天,时间匆忙暂且写一篇简单的小文章介绍ddPCR吧,我是通过“肿瘤低频突变检测”了解到这项技术的,后面竟然发现它的应用还挺广泛。不过这篇文章暂且从“低频突变检测”这个角度描述ddPCR的应用,以后有其他应用方向的了解再来更新这篇文章~

ddPCR应用方向: 拷贝数变异研究、复杂来源样品中含量极低核酸分子的检测、NGS数据验证、NGS测序文库的鉴定、miRNA等差异微小的基因表达研究。

1. ddPCR的背景介绍

ddPCR(dropletdigital PCR):在传统的PCR扩增前对样品进行微滴化处理,即将含有核酸分子的反应体系分成成千上万个纳升级别的微滴(其中,每个微滴含有的待检测靶分子为0个、1个或多个)。经过PCR扩增之后,逐个对每个微滴进行检测,有荧光信号的微滴判读为1,没有荧光信号的微滴判读为0,根据泊松分布原理及阳性微滴的个数与比例,即可得出靶分子的起始拷贝数或浓度。

目前有两种主流的实现形式:

  • 油包水的ddPCR
  • 芯片微孔的ddPCR

这么长的一堆文字介绍,理解起来还是着实费力吧?对于这种技术原理的理解,还是动画形式更方便,我就是个老好人,动画链接精心挑选如下:https://www.bilibili.com/video/BV1Bt4y1X79e?p=1&share_medium=iphone&share_plat=ios&share_source=COPY&share_tag=s_i&timestamp=1610781003&unique_k=8JyMfj

ddPCR与qPCR相比较:
之前一篇文章里提到过qPCR(参考链接:https://www.jianshu.com/p/1beacb4df8e7),也是一个核酸定量分析的方法,我在其中花了很多文字介绍qPCR的扩增曲线,因为qPCR的定量分析就是通过设置浓度梯度的“标准品”核酸溶液,根据不同浓度梯度的“qPCR扩增曲线”获得一系列Ct值,做出Ct值与核酸浓度的标准曲线。然后将“待测样品”的Ct值带入标准曲线,以此推断“待测样品”的核酸浓度。
且不考虑实验操作存在的误差,通过标准品绘制标准曲线的过程就不可避免得引入很多不确定因素。因此,qPCR核酸定量分析是一个相对定量的方法。而ddPCR不需要制作标准曲线便可以对待测样本直接定量。

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