1.BindingDB
這是一個公共收錄實驗測定的蛋白質-配體的結合親 和力的數據庫。
（1）實驗測定的結合親和力； （2）側重測定候選藥物靶點蛋白與小分子或 類藥分子等配體的相互作用親和力。目前含有620000 個蛋白—配體結合數據，5500
個蛋白靶點，超過 270 000 個類藥小分 子。。
2.PDTD
這是一個雙功能數據庫，包含 已確證藥物靶點、潛在藥 物靶點的結構和信息。 （1）側重收錄有 3D 結構的藥物靶點；（2）整合了在線服務器 TarFisDock 通過分 子對接識別潛在的結合靶點。含有1 207 個條目，包含 841 個已確定或潛在的藥物靶點的 PDB 蛋白晶體結構信息。
3.DrugBank
這是一個包含詳細的藥物數 據和相應藥物靶點信息 的生物信息學和化學信 息學綜合性數據庫。（1）全面的藥物的化學、藥理和醫藥相關的 數據；（2）詳細的藥物靶點的序列、結構和通路信 息。1985 個 FDA 批准小分子藥物，204 個FDA 批准生物藥，93 個保健品，超過6 000 個實驗藥物和超過 4 331 個非冗 餘靶點蛋白序列。
4.SuperTarget
一個分析藥物—靶點相 互作用的網絡資源，靶點 蛋白和相應藥物一站式 數據倉庫。 （1）提供藥物適應症、藥物副作用、代謝信 息和靶點蛋白質的通路和 GO 註釋等 信息； （2）收錄 3 萬多條藥物-靶點相互作用的信息。6 219 個靶點，195 770 個化合物，282個藥物—靶點相關的通路，6532 個藥 物—靶點相關的本體論，63 個細胞色素。
5.TDR
。 （1）豐富的與熱帶疾病的病原體相關的遺傳 學和藥理學數據； （2）使用權值算法來計算評估靶點的成藥性。448 個靶點、968 個化合物和配體。
6.PHARMACOLOGY[5
一個包含批准藥物和其 它小分子的生物靶點信 息的數據庫。 （1）包含幾個大的藥物靶點家族的信息，方 便查詢； （2）提供配體的理化性質、結構、生物活性 和臨牀狀態等信息。2 485 個藥物靶點，7 個靶點家族，6 064個配體。
7.HDAPD
提供疾病相關蛋白 各種資源的數據庫。 （1）包含疾病相關蛋白的 X-ray、NMR 和電 鏡結構； （2）靶點的細胞組成、蛋白質功能和生物過 程信息。395 個 疾 病 相 關 蛋 白 ， 256 個有X-ray/NMR 結構。
8.PharmGKB
包含遺傳、基因組 學、分子和細胞表型數 據、藥學基因組學研究臨 牀信息的知識庫。 （1）包含心血管、肺、癌症等疾病、通路、 代謝等藥動學和藥物基因組學數據； （2）提供不同個體對藥物的反應的遺傳變異 數據。20000 個基因，3000 個疾病，2 500 個 藥，53 條通路，470 個基因變異。
9.STITCH
檢索已知的和預測的化 合物與蛋白質相互作用 關係的數據庫。 （1）蛋白質—化合物的相互作用網絡； （2）包含化合物結構、蛋白質序列等信息， 與BindingDB 和 PharmGKB 等數據庫 建立了交叉鏈接。 來自 1 133 個機體的 300 000 個小分子 和 260 萬個蛋白的相互作用數據。
10.TTD
基於已發表文獻和 實驗驗證的專業的具有 治療效用的藥物靶點數 據庫。 （1）收錄了已成功藥物靶點、臨牀靶點和研 究型靶點的數據，包含藥物和靶點的臨 牀信息，定期更新。 （2）開發了靶點相似性搜索、藥物相似性搜 索等工具。387 個成功靶點，723 個臨牀靶點和 1469 個研究型靶點；2 071 個已批准、9528 個臨牀試驗和 17 803 個研究藥物，20 278 個小分子。