如何查詢NCBI裏基因信息的所有歷史版本

最近更新頻率很慢,因爲我忙於課題,沒有很多大塊的時間進行學習。現在深刻的體會到實驗室的氛圍如果很好的話(這裏的氛圍指的是同學以及老闆),做起實驗來也是充滿動力的,而且心情也會很好,每天都感覺充滿希望。雖然沒有大塊時間學習,但是日常的小技能還是經常會get到一些,今天要分享的就是如何查詢NCBI裏基因信息的歷史版本。

在NCBI裏查詢某個基因的信息時,我們經常能看到這樣的註釋:

網站會告訴你關於這個基因的信息最近的更新時間。那麼我就在想,那之前的記錄還可以查看嗎?如果有的話,應該去哪兒查詢呢?

這項技能非常的easy,NCBI官方有一個網頁就是介紹如何查詢sequence revision history:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sequencerevisionhistory/

現在舉個例子:
比如上面截圖裏顯示的基因,首先我們先要找到它的Accesion ID。點擊頁面右側的RefSeq:

這時會自動跳轉到該基因所有已知的isoforms,比如這個基因,就有3個isoforms(見下圖),選擇你想要查看的isoform,這裏我就用第一個作爲例子。實際上這個NM和NP開頭的數字就分別是核酸和蛋白的ACCESSION,但這裏要注意的是,你要使用小數點前面的內容來進行查找。比如這裏,如果你想查看該基因核酸序列所有歷史版本,你需要的ACCESSION ID是NM_001252313:

重點來了,現在複製這個網址(如果你要查詢其他基因,把鏈接裏的問號前ACCESSION ID改一下就行):
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001252313?report=girevhist

這時頁面出現:

這是該基因自從被NCBI收錄以來所有的更新記錄,可以看到最近的一次更新是今年的6月22日。你可以任意查看以往的記錄。對於這個基因來說,一共有幾十次更新記錄。在頁面的最下方,還會告訴你這個基因第一次被收錄的時間(哇塞好巧,這日期恰好是我生日):

在這個頁面裏,你可以任選兩個版本進行比較,比如這裏我想比較最新的和3月16日更新的版本的差別,這裏你可以選擇比較FASTA或者選擇blast,FASTA比較就是隻告訴你基因序列有沒有區別,但是不會顯示細節:

如果你選擇BLAST,再點擊Compare,小窗口中會出現該兩個版本里基因序列的blast比較結果:

另外如果你隨便點擊一個早期的歷史版本,其中會告訴你這個版本的信息是什麼時候更新的,並且會提示你這個記錄已經有更新,還有最新版本的鏈接:

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