在前五章中，作者勾勒了一幅生命被動的機械觀和主動的機械觀相互爭論的歷史圖景。隨着生理學、解剖學以及博物學的迅猛發展，人們對生命現象的認識不再侷限於基本的生理結構，而開始深入到生命個體的發育以及物種的歷史演化，在這兩方面也形成了類似的觀點衝突。在第六章《自組織機器的困境》，作者論述了一個在當下非常流行的生命觀點，也就是生命是自組織和自我轉變的機器，這是一種徹底的主動機械論。
將機械裝置理解爲是一種自組織系統最大的麻煩是如何協調自然的無目的性和生命的目的性之間的矛盾，因爲經過兩個多世紀的發展，目的論早已被清除在科學理論建構之外。一種理解生命的目的性就是生命個體的內在能動性。例如，拉馬克認爲“動物通過執行自己的意志生長在自然環境中，形成了適應環境的‘習慣’和生活方式‘”，由此生物個體會發生演化。當然，另一種則是利用自然環境來解釋生物個體的演變過程，這就是達爾文生物演化理論的背景。
達爾文的生物演化理論爲我們理解生物物種演變提供了系統的理論框架。在他看來，生物的演化既不是內在的能動性趨向某個目的的結果，也不是上帝設定目標的結果。達爾文認爲生物的演變是被動適應自然環境和自然選擇的結果，而選擇出的形狀通過遺傳物質傳遞給下一代。作者在第七章《機器間的達爾文》講述達爾文思想的獨特性。對於生物個體而言，它是發育和種系演化的產物。首先，作爲物種的個體，它所具有的各種性狀是被動適應自然的結果，因此，生物性狀不是完美的，其次，生物個體的發育則是系統組織的發育結果。那麼組織的發育是否有內在的目的呢，爲什麼組織能夠在恰當的時間發育出恰當的器官呢？
第八章《機械卵和智能卵》
第九章《由外而內》
第十章《歷史的重要性》