在前五章中，作者勾勒了一幅生命被动的机械观和主动的机械观相互争论的历史图景。随着生理学、解剖学以及博物学的迅猛发展，人们对生命现象的认识不再局限于基本的生理结构，而开始深入到生命个体的发育以及物种的历史演化，在这两方面也形成了类似的观点冲突。在第六章《自组织机器的困境》，作者论述了一个在当下非常流行的生命观点，也就是生命是自组织和自我转变的机器，这是一种彻底的主动机械论。
将机械装置理解为是一种自组织系统最大的麻烦是如何协调自然的无目的性和生命的目的性之间的矛盾，因为经过两个多世纪的发展，目的论早已被清除在科学理论建构之外。一种理解生命的目的性就是生命个体的内在能动性。例如，拉马克认为“动物通过执行自己的意志生长在自然环境中，形成了适应环境的‘习惯’和生活方式‘”，由此生物个体会发生演化。当然，另一种则是利用自然环境来解释生物个体的演变过程，这就是达尔文生物演化理论的背景。
达尔文的生物演化理论为我们理解生物物种演变提供了系统的理论框架。在他看来，生物的演化既不是内在的能动性趋向某个目的的结果，也不是上帝设定目标的结果。达尔文认为生物的演变是被动适应自然环境和自然选择的结果，而选择出的形状通过遗传物质传递给下一代。作者在第七章《机器间的达尔文》讲述达尔文思想的独特性。对于生物个体而言，它是发育和种系演化的产物。首先，作为物种的个体，它所具有的各种性状是被动适应自然的结果，因此，生物性状不是完美的，其次，生物个体的发育则是系统组织的发育结果。那么组织的发育是否有内在的目的呢，为什么组织能够在恰当的时间发育出恰当的器官呢？
第八章《机械卵和智能卵》
第九章《由外而内》
第十章《历史的重要性》