在近代生物医药的发展进程中，针对蛋白质的研究一直没有停止过。近些年，业界的研究重点主要集中在了靶向蛋白质组技术层面，在北鲲云提供的超算平台支撑下，技术的研究取得了可喜的进展。这种技术产生的背景是，过去的很长时间里，针对检测样品中含量的分析，都要通过抗体、转录水平等间接途径才能实现，这些方法存在着很多的弊端，比如灵敏度低、误差大等。而靶向蛋白质组技术可以很好地解决这些痛点问题。
在采用这一技术的过程中，也存在着不少的难题。其中的难点就是在已知一个蛋白质的三维结构的情形下，怎样利用一系列的推算算法，来得出它在折叠的过程中形成的各种各样的中间构象。这显然并不是一件简单的事情，这是因为，由数千个氨基酸组成的长链自发地折叠成稳定结构，所需要的时间大约为 1 秒钟。在北鲲云等平台出现之前，按照常规的计算水平，是难以匹配蛋白质形成的时间尺度的。
有研究机构发现，在这短短一秒钟的时间里，有部分结构会衍生出具有较高亲和力的结合位点。而正是基于这样的发现，为靶向蛋白质折叠中间体致药理性失活（PPI-FIT）技术提供了很好的蓝本。其大致的原理是，在药物与这些位点相结合之后，可以干扰蛋白质的正确折叠，进而使的其形态停留在中间体的状态。细胞会将这些中间体识别为不正确的折叠，并通过自噬—溶酶体这种方式促使其进行降解，达到清除致病蛋白的目的。
在蛋白质的折叠过程中，多肽会使用大量的时间处于非通路状态，借助于分子动力学的模拟计算，可以通过关注中间体构象的变化达到提高采样率的目的，如果能够对这一原理进行利用，就意味着分析效率会得到极大的提升。目前，已经有机构基于北鲲云开发出了对应的分析模型，按照这样的思路，一旦识别到有潜力的折叠中间体，此类结构就会讯速地进入到虚拟筛选名单中，进而成为对应的靶点，并产生有巨大价值的小分子药物。
该技术要顺利地进行应用，需要有强有力的计算平台进行支撑，在云计算技术日渐成熟的当今，这并不是难题。以北鲲云超算平台为例，它可以将科研机构的本地服务器资源和云上资源进行整合，当本地服务器的算力资源紧张时，北鲲云超算平台可以通过集群调度系统智能化地溢出到云系统上，进行作业时不需要排队，可以有效地提高计算的效率。此外，北鲲云超算平台还针对部分机构开发了专属的管理系统，可以灵活地管理后台的配置、灵活分配资源，使用起来更加便利。
数据显示，在北鲲云超算平台的支撑下，一家高校的生物信息组在进行基因组分析时，一周的时间里完成了2000个物种基因组分析，假若采用传统的算力模式，这样的效率是不敢想象的。业内人士称，蛋白质突变引发的功能异常是多种疾病的诱发原因之一，但很多致病蛋白并不容易被常规小分子药物靶向，这为药物开发带来了诸多挑战。不过，随着北鲲云超算技术的大量应用，一系列瓶颈问题将得到有效解决，这些挑战也将被逐渐攻克。