salmon 幫助文檔
https://salmon.readthedocs.io/en/latest/building.html#installation
github主頁
https://github.com/COMBINE-lab/salmon
我最開始是直接使用conda安裝的 v1.4
首先第一步是對參考轉錄組進行索引，命令
salmon index -t pome.fa -i transcripts_index_1 -p 16
這一步不知道爲啥總是卡住
到這裏就進行不下去了
然後我在github上直接下載了編譯好的v1.9
./salmon/bin/salmon index -t pome.fa -i transcripts_index_2
同樣的會卡到這一步
但是用v1.0指定核心數卻可以運行完
試了一次能夠運行，試第二次的時候又卡住了 不知道爲啥
這個和salmon是哪個版本關係應該不到，而且有時候可以成功，有時候就會卡住，但是卡住的時候多
已解決
請教了課題組的師兄，應該是文件存貯的原因，我用到的是計算機集羣，涉及到的文件存儲知識我也搞不太明白，我的大體理解是：計算集羣存儲的系統是兩套，當啓用一個計算節點的時候，這個計算節點有一個臨時的文件存儲系統，節點關閉自動會刪除這個臨時的文件存儲系統，每次節點啓動這個臨時的存儲系統路徑都不一樣，可以使用命令$TMPDIR來獲取存儲路徑 參考這個鏈接 https://help.cropdiversity.ac.uk/data-storage.html。計算集羣還有一個單獨的文件存儲系統，這個系統是永久的。默認的輸出文件是在計算集羣的單獨的數據文件存儲。使用salmon這個軟件需要將輸出文件指定到節點的臨時文件存儲中，運行完再將輸出結果複製到計算集羣的文件存儲系統中
（這個理解不知道是否正確）
我運行如下命令
salmon index -t pome01.fa -i /tmp/myan_3797261/transcripts_index_05 --threads 4
就能夠順利運行，然後將結果複製到集羣的存儲系統中
cp -R $TMPDIR/transcripts_index_05/ ./
量化的步驟使用集羣的文件存儲還是節點的臨時存儲都是可以的
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