泛基因組分析流程ppsPCP

論文

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/20/4156/5372683?login=false

ppsPCP: a plant presence/absence variants scanner and pan-genome construction pipeline

github主頁

https://github.com/Zhuxitong/ppsPCP/tree/v1.0

依賴軟件

• mummer

• blast

• bedtools

• blat

• gffread

• Bio::Perl

這幾個都可以用conda直接安裝，但是mummer我這邊conda還是3.幾的版本，所以後續使用會有報錯，安裝github主頁的文檔進行手動安裝，Bio::Perl也可以通過conda安裝

安裝的命令是

https://anaconda.org/bioconda/perl-bioperl

conda install -c bioconda perl-bioperl

都安裝好後試着運行示例數據

perl ../bin/make_pan.pl --ref Zmw_sc00394.1.fa --ref_anno Zmw_sc00394.1.gff3 --query Zjn_sc00188.1.fa --query_anno Zjn_sc00188.1.gff3

流程順利運行，結果怎麼看還得研究

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