泛基因组分析流程ppsPCP

论文

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/20/4156/5372683?login=false

ppsPCP: a plant presence/absence variants scanner and pan-genome construction pipeline

github主页

https://github.com/Zhuxitong/ppsPCP/tree/v1.0

依赖软件

• mummer

• blast

• bedtools

• blat

• gffread

• Bio::Perl

这几个都可以用conda直接安装，但是mummer我这边conda还是3.几的版本，所以后续使用会有报错，安装github主页的文档进行手动安装，Bio::Perl也可以通过conda安装

安装的命令是

https://anaconda.org/bioconda/perl-bioperl

conda install -c bioconda perl-bioperl

都安装好后试着运行示例数据

perl ../bin/make_pan.pl --ref Zmw_sc00394.1.fa --ref_anno Zmw_sc00394.1.gff3 --query Zjn_sc00188.1.fa --query_anno Zjn_sc00188.1.gff3

流程顺利运行，结果怎么看还得研究

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