嘉靖年間，皇帝長期沉迷於煉丹修道，不問政事，朝政全由內閣首輔嚴嵩把持，他任用親信趙文華等人主持抗倭戰事，而趙文華則憑藉職務之便，欺壓地方官員，搜刮庫藏貪污勒索，更爲嚴重的事，他並不懂得軍事，直到有人揭露他的罪行，嘉靖帝纔將他治罪削職爲民。
就在明朝政府昏君亂黨，大行其道的形勢之下，時任浙江巡撫，監察御史的胡宗憲讓明朝政府在這場倭寇之亂中看到了一絲希望。
胡宗憲
胡宗憲，字汝貞，號梅林明朝抗倭名將，他到任後，一方面招攬重用了大量人才，如俞大猷，戚繼光等，另一方面就是注重練兵，他在抗倭鬥爭中最令後人稱道的就是與兩大倭寇首領王直，徐海的鬥智鬥勇。
王直是東南沿海地區倭寇的首領和中間人物，自己組建了一個龐大的海盜集團。
胡宗憲在對海上倭患進行分析後，制定了剿撫並舉的抗倭策略，在經過長期的招撫策劃後，終於在1557年冬，胡宗憲設計誘捕了海盜王直，並於1559年將其斬首，當時橫行海上的倭寇除了王直外，其次就屬徐海的實力最強啦。
徐海本是一個和尚，後隨叔叔從事海上貿易，因爲叔叔把他作爲人質抵押給了倭寇，後無力償還，徐海走投無路，被迫與倭寇勾結，開始了海盜生涯，並逐漸發展壯大起來，對待徐海，胡宗憲同樣採取招降政策，並且充分利用了徐海的愛妃王翠翹來誘降徐海。
徐海聽信翠翹之言投降胡宗憲，哪知胡宗憲出爾反爾，誅殺了徐海。
至此，兩浙者的倭寇暫時平息了，其餘的倭寇便把重心移到福建。
平定江浙倭寇的明軍將領也轉戰至福建一帶，其中最爲有名的莫過於俞大猷和戚繼光了。
俞大猷
俞大猷，字志甫，又字遜堯，號虛江，福建泉州人，在平定倭寇的戰爭中立下了赫赫戰功，其中最有名的一次戰役是興化平倭大捷，當時清華城被倭寇攻陷，俞大猷被調爲福建總兵官，剿滅倭寇。
俞大猷採用“比以戰爲守，我以守爲攻”的正確作戰策略，按兵不動，等待時機。
1563年4月所有部署完成後，明軍三路出擊，殲滅2200多人，取得了興化平倭大捷，收復了平海衛和興化城，解救了3000名被俘的百姓，爲這場戰役周密部署指揮的俞大猷在論功行賞時，卻因爲嘉靖皇帝聽信讒言，對俞大猷銀四十兩有人爲他抱不平，但他卻淡然處之，並不計較個人得失，而是繼續領兵作戰，蕩平倭寇。
當時與俞大猷齊名的就是戚繼光，他們兩人被時人並稱俞龍戚虎。
戚繼光
戚繼光，山東登州人出身武將家庭，面對倭寇肆意橫行，魚肉百姓的形式，他憤然寫下了“封侯非我願，但願海波平”的詩句，表達自己立志掃平倭寇的決心。
爲了抗擊倭寇，1559年秋戚繼光親自到義烏精心挑選，招募了3000人，經過兩個月的強化訓練，戚繼光招募的這支軍隊竟然成爲了戰鬥力很強的部隊。
1561年，在臺州先後九戰九捷，迅速的蕩平了浙江的倭寇，戚繼光由於在對倭寇的戰鬥中屢立戰功，他的軍隊被人們親切地稱爲戚家軍。
在福建的抗倭鬥爭中，戚繼光除了在新華平鍋大捷中，立下了汗馬功勞外，又在解救仙遊之圍中體現了卓越的軍事才能。
新華平倭大捷後，又有大批倭寇陸續登陸，1563年，兩萬多倭寇圍攻仙遊，譚綸和戚繼光統兵來救，當時戚繼光部下只有6000人，敵我力量懸殊，在經過長時間的周密部署後，戚繼光分兵多路猛攻窩口，致使倭寇丟盔卸甲全線崩潰，仙遊之圍解除了。
後來戚繼光又與俞大猷合作，共同討伐吳平軍，吳平源活躍於閩粵沿海後退居難熬，與倭寇勾結有1萬多人，威餘二人精誠合作，共同戰鬥。
吳平慘敗，率800餘人乘船逃跑。
1566年，戚繼光與俞大猷又共同剿滅了吳平殘部，吳平投海自殺，至此，東南沿海的倭患基本平息了。
蕩平倭寇，讓明朝政府有了穩定的外部環境，朝廷上下可以將精力集中到政治和經濟的建設上來。