原创 Microbiome：中外合作揭示微生物羣落降解複雜微生物聚合物的酶(視頻導讀)
培養及非培養宏基因組技術揭示微生物羣落降解複雜微生物聚合物的遺傳和酶活潛力Cultivation-independent and cultivation-dependent metagenomes reveal genetic and
2020-06-16 16:37:32
原创 Nature：好導師的16個標準
“在任何學科領域，是否有一個好導師將決定學生的研究生涯初期的成敗” ，什麼樣的導師是好導師呢？2005年，Nature創立了the Nature awards for mentoring in science，用於表彰在指導研究生方面卓
2020-06-16 16:37:32
原创 編者序：初衷、計劃、要求、優勢、目標和展望
020編者序寫在前面2020年4月底，宏基因組公衆號編輯部內部啓動了《微生物組數據分析和可視化實戰》專項計劃(又名《宏基因組學百科全書》)，該項目是對2017年以來宏基因組公衆號發佈的上千篇原創文章進行系統的總結和更新，希望在接下來一年
2020-06-16 16:37:32
原创 R最快且比dplyr最高效的大數據處理R包：tidyfst
寫在前面本包開發者黃天元；首先我對tidyfst進行了一套完整的學習，因爲這裏面的函數並不多，滿打滿計算，也就38個。隨着擴增子的平穩，我逐漸轉入宏基因組，軟件更多，平臺跨度更大，R語言顯示出來很多弊端：數據處理過程不夠快，無法快速讀入
2020-06-16 16:37:32
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原创 環境&微生物期刊—mBio介紹
期刊快覽影響因子：IF=6.747，JCR 1區官方主頁：https://mbio.asm.org/雜誌主編：Arturo Casadevall綜合評價：微生物綜合頂級開源期刊、評分5分個人評價(感謝上海交大胡海洋博士的相關意見)開源是
2020-06-16 16:37:32
原创 Microbiome：華中農大謝卡斌組利用CRISPR系統減少16S rRNA基因測序宿主污染
利用CRISPR/Cas9系統可減少基於16S rRNA基因擴增子測序中大量的宿主污染Engineering CRISPR/Cas9 to mitigate abundant host contamination for 16S rRN
2020-06-16 16:37:32
原创 NC：你覺得你喫的是草，其實你還是喫的土
食葉昆蟲微生物羣落來源於土壤而不是取食植物Foliar-feeding insects acquire microbiomes from the soil rather than the host plantNature Communi
2020-06-16 16:37:32
原创 相對丰度會歪曲實際丰度，聯合16S擴增子測序和總菌qPCR獲得的絕對丰度可靠嗎？...
英文題目: Complementing 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing with Total Bacterial Load To Infer Absolute Species Concentratio
2020-06-16 16:37:32
原创 環境&微生物期刊—Bioresource Technology
期刊快覽影響因子：IF=6.669，JCR 1區官方主頁：journals.elsevier.com/bioresource-technology/雜誌主編：Ashok Pandey綜合評價：逆襲的生物技術期刊、評分4.5分個人評價(感
2020-06-16 16:37:32
原创 廣東生態所孫蔚旻團隊ES&T發表利用穩定同位素示蹤-宏基因組分箱聯用技術揭示砷污染土壤中的厭氧砷氧化微生物及其代謝途徑...
廣東省生態環境技術研究所孫蔚旻團隊ES&T發表：利用穩定同位素示蹤-宏基因組分箱聯用技術揭示砷污染土壤中的厭氧砷氧化微生物及其代謝途徑第一作者：張苗苗通訊作者：孫蔚旻通訊單位：廣東省生態環境技術研究所論文DOI：10.1021/acs.
2020-06-16 16:37:32
原创 衆籌編寫《微生物組數據分析與可視化實戰》——成爲宏基因組學百科全書的創始人...
衆籌編寫《微生物組數據分析與可視化實戰》——成爲宏基因組學百科全書的創始人高通量測序的發展極大地推動了微生物組/宏基因組領域的發展。微生物組的數據分析和解讀需要微生物學、生物信息學、統計學、Shell和R語言、宏基因組學等多學科的知識，
2020-06-16 16:37:32
原创 NAR：UNITE真菌鑑定ITS數據庫——處理未分類和並行分類(數據庫文章閱讀筆記Markdown模板)...
上方文章標題要求：包括雜誌名縮寫(一個詞的雜誌名不縮寫，兩個及上用實詞首字母)和吸引人且有重要信息的語句，中間用中文冒號(：)分隔注：文中灰色部分（引用格式）爲寫作說明文字，幫助編輯規範Markdown語言創作筆記和完成必要的內容，在正
2020-06-16 16:37:32
原创 結果方程模型（SEM）的理論和基本實現過程
寫在前面之前有人點名希望寫一個SEM，其實之前我並沒有實際做過SEM，當時也沒有多考慮就答應了，但是查了一些資料之後我就後悔了????這個東西實在是很不好理解，也非常的麻煩，全程都需要手動進行，並且需要實際的分析人員對於研究的內容和分析
2020-06-16 16:37:32
原创 EID：宏基因組測序在新發腹瀉病毒鑑定中的應用
宏基因組測序在新發腹瀉病毒鑑定中的應用撰文：李傑 常熟理工學院生物與食品工程學院責編：劉永鑫 中科院遺傳發育所寫在前面發現和鑑定新病毒以及確定新病毒與疾病的關係是預防、診斷和治療新發病毒性傳染病的首要任務。高通量測序技術突破了傳統技術方
2020-06-16 16:37:32
原创 MetaCoMET----核心微生物組分析在線工具
寫在前面前兩篇推文都是在介紹Venn圖的繪製方法，其實在微生物羣落研究中，Venn圖的本質是識別樣品中共有和特有的微生物，其中更重要的可能是共有的微生物，也可以說是研究樣本中的核心微生物組。通過對各樣本間共有微生物組成及分類學的分析，進
2020-06-16 16:37:32