原创 單因素方差分析
單因素方差分析概念： 是用來研究一個控制變量的不同水平是否對觀測變量產生了顯著影響。這裏，由於僅研究單個因素對觀測變量的影響，因此稱爲單因素方差分析。 例如，分析不同施肥量是否給農作物產量帶來顯著影響，考察地區差異是否影響婦女的生育率，研
2020-02-20 19:08:20
原创 gene ID轉換
Retrieve/ID mapping Enter identifiers, separated by a space or a new line, into the form field, for example: P31946 P6
2020-02-20 19:08:20
原创 一顆初心，慢煮歲月（最美文字）
在微信上看到的一篇文章，寫的很不錯，特此收藏 每一天，我都歡喜着遇見，遇見更好的自己，遇見更好的你。我的心是一座城，藏有落葉，一簇花叢，還有那些來自歲月的點滴。萍水相逢的一笑，指路時的溫暖，都是自然裏開的花，是根植在心底的蔥蘢。
2020-02-20 19:08:19
原创 R包的安裝
#記錄小知識點， 我的R版本是R-2.15.3 安裝R包的兩種方式： 手動安裝：R console 上的package--》install package---》選擇鏡像---》然後選擇要安裝的包 命令安裝：install.package
2020-02-20 19:08:19
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原创 Using DAVID for GO and pathway enrichment analysi
網址：https://david.ncifcrf.gov/ 步驟： Upload or paste a gene list To start DAVID, first click on "Functional Annotation" u
2020-02-20 19:08:19
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原创 GO 和 KEGG 註釋之前，爲什麼要先進行序列比對（BLAST）？
在進行功能註釋和通路註釋之前，我們會先將差異蛋白與合適的數據庫中的蛋白序列進行比對。目的一：很多物種目前研究的程度還很有限，關於這些物種的蛋白註釋信息還很不完善。根據相似性原理，具有相似序列的蛋白可能也具有相似的功能，因此，我們可以將 B
2020-02-20 19:08:19
原创 關於Trimmomatic
標題：Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina Sequence Data Trimmomatic as a more flexible and efficient pre-process
2020-02-20 19:08:19
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原创 質量值體系 Phred33 和 Phred 64 的由來 及其在質量控制中的實際影響
最近在學習質控知識時, 對於質量值體系及轉換產生了一些疑問, 作了一些嘗試, 趁集羣故障, 在此總結一下 質量值體系 相比之前培訓時所學的質控內容, (我拿到的) 流程中還多了一步 phred33to64, 也就是把 .fastq
2018-08-23 16:28:47
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原创 edgeR（未完）
edgeR的安裝： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("edgeR")查看R的當前工作目錄： > getwd() [1] "D:/My Document
2018-08-23 16:28:47
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原创 轉錄組(未完待續)
統計Mapped Reads在基因組的CDS(Exon)、Intron、Intergenic等區域的分佈，用於檢測測序序列在基因組上的來源，正常情況下，Exon(外顯子)區域的測序序列定位的百分比含量應該最高，定位到Intron(內
2018-08-23 16:28:47
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原创 Genome denovo assembly using velvet
Velvet is denovo assembler suitable for small genomes. It is based on deBruijn graph and we must define kmer length whe
2018-08-23 16:28:42
原创 Extract lowercase masked FASTA from a BLAST database with masking information
If a BLAST database contains masking information, this can be extracted using the blastdbcmd options –db_mask and –mas
2018-08-23 16:28:42
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原创 關於Bowtie
首先來說下以參考基因組建索引：下面是官網上的一個介紹 bowtie-build builds a Bowtie index from a set of DNA sequences. bowtie-build outputs a set
2018-08-23 16:28:40
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原创 鏈特異性轉錄組測序
常規轉錄組測序首先將mRNA片段化，然後採用隨機引物進行cDNA雙鏈的合成。因此，常規轉錄組在測序序列中不能提供鏈方向的特徵信息，很難確定反義轉錄本，且不能真實的反映轉錄情況。 鏈特異性轉錄組測序（ssRNA-SEQ）是指在構建測序文庫時
2018-08-23 16:28:40
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原创 分子生物學上的生物定義整理
#經常遇到的問題是，很多時候一些看是簡單的生物學小知識點，突然忘記什麼意思，所以決定在這裏記下學習過程中，遇到的一些小的知識點，以備方便查閱。 ############################ 寡核苷酸，是一類只有20個以下鹼
2018-08-23 16:28:40
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