原创 Linux後臺執行命令
Linux後臺執行命令 Note：最近做WDOG，用到了&後臺執行，就索性好好學一學Linux後臺執行命令。參見《Linux與Uni
2020-02-20 19:52:17
原创 install viennarna
yum install ncbi-blast-2.2.25+-3.x86_64.rpm tar vxf ViennaRNA-1.8.5.tar.gz cd ViennaRNA-1.8.5 ./configure make make i
2020-02-20 19:52:16
原创 centos6.0桌面配置
centos6.0桌面配置 分類： centos 2011-08-04 21:12 67人閱讀 評論(0) 收藏 舉報 進入系統第一件事更新系
2020-02-20 19:52:16
原创 perl unshift @INC
Perl包和模塊 一、require函數 用require函數可以把程序分割成多個文件並創建函數庫。例如，在myfile.pl中有定義好的Perl函數，可用語句require("myfile.pl");在程序中Perl包含進來。當P
2018-08-28 12:41:22
原创 perl ||=
||是 或運算符···如果前面的變量爲空··那麼就會執行後面的表達式· 條件控制 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $s =4; $s ||= 3; print $s; 相當
2018-08-28 12:41:22
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原创 perl處理中文
Perl從5.6開始已經開始在內部使用utf8編碼來表示字符，也就是說對中文以及其他語言字符的處理應該是完全沒有問題的。我們只需要利用好Encode這個模塊便能充分發揮Perl的utf8字符的優勢了。 下面就以中文文本的處理爲例進行說明，
2018-08-28 12:41:21
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原创 xargs與cp結合使用
xargs與cp結合使用 find . -name "*" |xargs cp ???? 這裏 xargs cp 怎麼區分cp源 和 cp目的 例如：想把 查詢到的文件 都copy到/home/users/中去 fi
2018-08-28 12:41:21
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原创 R做Tukey檢驗
mydata <- read.table(a.txt, header=FALSE, sep="\t") a <- c(a[,1]); #a <- c(1.092859111,0.916497508,0.5
2018-08-28 12:41:21
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原创 使用ensembl的API下載數據
Ensembl 是一項生物信息學研究計劃，旨在開發一種能夠對真核生物基因組進行自動詮釋（automatic annotation）並加以維護的軟件。該計劃由英國Sanger研究所Wellcome基金會及歐洲分子生物學實驗室所屬分部歐洲
2018-08-28 12:41:21
原创 perl do()用法
語法 do BLOCK do EXPR do SUB(LIST) 定義和使用 提供了一個塊時，執行IF塊是一個函數，返回的值的最後一個語句塊中的計算值。 當提供EXPR，執行EXPR就好像它是另外一個Perl腳本指定的文件。
2018-08-28 12:41:21
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原创 用R讀取PDF並進行數據挖掘
# here is a pdf for mining url <- "http://www.noisyroom.net/blog/RomneySpeech072912.pdf" dest <- tempfile(fileext = ".
2018-08-28 12:41:21
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原创 Perl的特殊符號
Perl的特殊符號 @ 數組 $x{} x名字前面是美元符號($),後面是花括號({}),則其爲 hash 元素 % 要引用整個 hash
2018-08-28 12:41:21
原创 perl pod文檔使用 =head =cut =pod pod2text 實現程序usage說明
perl pod文檔使用 =head =cut =pod pod2text 實現程序usage說明 =head1 NAME The name of your program or module. =head1 SYNOPSIS A
2018-08-28 12:41:21
原创 perl BEGIN和END用法
本文和大家重點學習一下Perl語言中BEGIN和END的使用，Perl能在絕大多數操作系統運行，可以方便地向不同操作系統遷移，希望本文的介紹能讓你有所收穫。 關於Perl語言中BEGIN和END的使用 Perl語言學習者必須關注…很
2018-08-28 12:41:21
原创 NCBI SRA格式轉換
最近NCBI的數據格式由於空間緣故都轉換成了*.sra格式，不再支持*.fastq.gz，因此需要一個特別的轉化工具來轉換下載的*.sra數據文件。 轉換工具下載地址： http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Tr
2018-08-28 12:41:17