原创 「r<-包」使用 sigminer 進行突變模式分析
突變模式分析（Mutational Signature Analysis）已經逐步成爲變異檢測後一個通用分析，這篇文章簡單介紹如何使用 sigminer 進行突變模式分析，以解決 2 大分析任務： 從頭髮現 Signatures 已知一些
2020-06-16 06:55:10
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原创 「r<-workshop」第四期：Tidyverse 實戰批量建模可視化
本次主要介紹了一些基本的正則表達式用法，然後介紹使用 tidyverse 組合拳進行批量建模和可視化。 本文代碼和資料部分涉及的鏈接請訪問 https://xsliulab.github.io/Workshop/ 第四期內容。 查看本期
2020-06-16 06:55:10
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原创 「r<-小技巧」Windows R 安裝包顯示無法鎖定目錄怎麼搞？
今天筆記本電腦裝包反反覆覆出現下面錯誤： Error in install.packages : ERROR: failed to lock directory ‘D:\Tool\R_Library’ for modifying Try r
2020-06-16 06:55:10
原创 「r<-包」從UCSC Xena 拉取數據做生存分析
這是最近趕的一個 deadline 作品，之前答應了 rOpenSci 投一個 technote 小博文。因爲不能重複包 Vignette 的內容，所以本文我使用了生存分析這個科研大衆需求的角度講解如何使用 UCSCXenaTools 拉取
2019-08-27 18:14:14
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原创 「公告」歡迎關注個人公衆號
爲了更好地推廣和分享知識，創建了個人微信公衆號「優雅R」，歡迎搜索掃描關注。 定位：以 R 爲主的數據分析技術知識推送和分享（Python、Linux爲輔），部分知識可能偏向我的工作領域生物（腫瘤）信息學 內容：基本內容爲簡書各文集內容的
2019-08-27 18:14:14
原创 「r<-導入」讀入 dbGap 的表型/註釋信息
dbGaP 表型等信息零散地卻有規律地分佈在 files/ 目錄下，爲了理解哪些文件存儲了數據，我對下載的文件類型進行了查看，包括 xml, pdf 以及 gz 文件。大致有以下整理： pdf 文件存儲的是各種文件的大致說明 xml 文件
2019-08-24 18:02:35
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原创 「r<-包|元分析」可視化 deft 方法進行的 subgroup 分析結果
在文章《誰更能從治療中獲益？》中我講過 metawho 包的開發由來，但當時遺留了一個問題，就是如何可視化 deft 元分析方法的結果。 之前我提供了使用 metafor 包繪製結果的方法，但這種方法自定義度極高，繪圖需要不斷摸索調整。
2019-08-22 18:10:49
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原创 「r<-碎碎念」UCSCXenaTools 可以引用了
UCSCXenaTools <https://github.com/ropensci/UCSCXenaTools> 是去年10月份左右開始開發的，是我寫的第一個R包，目的是有效地選擇和下載UCSC Xena提供的公開數據集，有利於分析的流程
2019-08-07 18:14:17
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原创 「r<-tidyverse」curly curly，更好的非標準計算
本文整理自 https://www.tidyverse.org/articles/2019/06/rlang-0-4-0/，有刪改 rlang v0.4.0引入了新的非標準計算操作符 {{。這大大方便了dplyr重編程。 library
2019-08-05 17:54:44
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原创 「r<-包|ggplot2|grid」ggplotify——連接各類R圖形
在作圖的時候想拼接不同的圖形對象，如pheatmap 包的熱圖、ggplot2 對象以及 base 圖形等。 這裏找到了Y叔的ggplotify包，以下是對 Vignette 的翻譯，以幫助自己理解用法，也希望讀者受益。 查看源代碼發現僅
2019-08-05 17:54:44
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原创 「r<-方案」PDF 輸出 Unicode 字符
正常情況下，使用 pdf 設備輸出 Unicode 字符時所有的 Unicode 都會變成...。 辦法是指定device=cairo_pdf。 如： library(Cairo) ggsave(filename="X:/yourpath/
2019-08-05 17:54:44
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原创 方案|通過 bash 初始化 conda
eval "$(~/miniconda3/bin/conda shell.bash hook)" && conda init bash
2019-08-02 17:52:37
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原创 2019-07-12
這翻譯的文章被舉報了吧？我好像也就兩三篇收費的，幾個月可能收到個幾塊錢打賞，斷我財路呀(-̩̩̩-̩̩̩-̩̩̩-̩̩̩-̩̩̩___-̩̩̩-̩̩̩-̩̩̩-̩̩̩-̩̩̩)
2019-07-13 17:43:24