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如果我們給隨機的初始條件，那麼原子重疊是不可避免的。模擬的開始必須把重疊原子push開，否則模擬就無法進行了。這和能量最小化有區別，因爲推開不一定能量就最小了。如何把原子推開呢，LAMMPS裏大概有如下幾種方面： pair_styl

2018-10-15 02:38:07

模擬小窩雲課堂系列是一線科研人員（iSimuLy團隊）精心製作的計算模擬技術（分子動力學、分子動力學模擬）入門和提升課程。課程系列以引導如何自學爲目標，解決學什麼、怎麼學的問題；課程以授“漁”爲宗旨。入門課程旨在縮短新手的入門時間

2018-10-13 02:45:47

最近QQ羣裏有部分小夥伴，問我關於命令和系綜的事情，對命令和系綜的理解沒有到應有的地步，我記得之前在口說LAMMPS命令系列教程（優酷有視頻可免費觀看）中強調過此事。下面再說一遍。首先要聲明的是，或者要強調的是：命令和系綜沒有直接聯

2018-10-10 02:48:46

組，顧名思義，就是把某些具有相同特徵的事物、或者需要加相同操作的事物放在一起，形成一個group. 在分子動力學模擬中，一般涉及到的組，其實就是把某些原子放在一起，或者建立一個索引（原子id）放在某個文件內，索引名相同的可以認爲是一組

2018-10-10 02:48:45

新手們總是會困惑，LAMMPS爲什麼要提供special bonds這個獨特的命令。因爲在別的軟件中，使用全原子力場，基本不會涉及到這個概念。在LAMMPS裏面，這個參數特別重要，對應使用全原子力場做模擬的LAMMPS用戶來說，稍有不

2018-10-10 02:48:45

科學研究手段中，計算機模擬已經與理論、實驗方法已成三足鼎立之勢。分子動力學的模擬方法已在物理、化學、材料、生物等學科得到廣泛的應用。爲更好的推廣和傳播模擬的方法與技巧。近期有個分子動力學模擬技術的研討會和LAMMPS培訓服務，分享給大

2018-10-10 02:48:45

分子模擬計算某一過程的自由能被稱分子模擬領域的4大難題之一。大概因爲自由能的概念比較令人困惑。下面侃侃我的理解，大家拍磚。。要說自由能，先說它和它兄弟“能量”的差別。做過模擬都知道，一個被模擬的體系，不論是NPT,還是NVT，它有總

2018-10-10 02:48:45

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給初學者安裝LAMMPS軟件的建議： 1）如果你無從下手，可以到優酷頻道看免費的安裝視頻 iSimuLy的自頻道-優酷視頻；這樣至少讓你掌握安裝流程 2）安裝時開始記得make no-all進行安裝，如果生成可執行文件說明安裝正確 3

2018-10-10 02:48:45

模擬降溫，有大致兩種辦法，一個是連續（升）降溫，也就是dt間隔下不停的溫度下降（升）；第二種方法是準靜態模擬降溫，每降低一個溫度，跑很長時間；這兩種方法大家可以根據自己情況進行模擬。對於第一種方法，只需要進行fix nvt temp

2018-10-10 02:48:45

網絡上有很多教程教大家安裝，但大多有點老舊了，跟不上LAMMPS版本的發展。官網上有ubuntu系統下的預編譯版，但完全不推薦；因爲LAMMPS包含的包很多，不需要所有的都安裝上。全安裝上，在一定程度上會影響到計算效率，這有點像你去旅

2018-10-10 02:48:45

LAMMPS在命令行部分，設置了partition選項，並且在in文件中設置了partition命令來進行輔助處理。一般來說，partition命令用的不多，下面主要介紹下下-partition(或-p)命令行參數的意義和設置。 -

2018-10-10 02:48:45

爲了優化算法，lammps開發人員設置的Group數目是有限制的，總共32個，其中還包含一個默認的all group. 這導致很多使用者在定義Group大於32時，出現了麻煩。如何突破數目限制，這個修改源碼也不那麼容易，因爲要改的代碼

2018-10-10 02:48:45

上次介紹了，非平衡做功的方法計算自由能，其實fix smd繼承了fix spring的一些功能，也可以進行傘狀抽樣，進而用wham方法分析，獲得比較好的自由能（PMF）曲線。umbrella方法是目前比較成功，且應用比較廣的加強抽樣方

2018-10-10 02:48:45