如果我們給隨機的初始條件，那麼原子重疊是不可避免的。模擬的開始必須把重疊原子push開，否則模擬就無法進行了。這和能量最小化有區別，因爲推開不一定能量就最小了。
如何把原子推開呢，LAMMPS裏大概有如下幾種方面：
pair_style soft command 加上 small timestep, soft style 勢使系統即使原子座標重疊力也不會無窮大，如果加上小的時間步，這樣原子一次移動的距離就不會太大【最好<0.1個單位】，從而保證原子的 blowing up.
fix nve/limit command 是通過限制最大移動距離來實現原子的分離，這個對勢能和時間步長沒有要求。
minimize command 通過一定的算法使系統能量最小化，再一定時候可以用來push overlap的原子，一般用於週期性系統，而且系統中沒有需要固定不動的原子，而上面兩個命令沒有這個限制。
目前來說，最方便的是第二個命令了，對系統沒有特別的要求