原创 單細胞交響樂9-細胞類型註釋
劉小澤寫於2020.7.5、7.7 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細
2020-07-08 23:50:03
原创 單細胞交響樂10-數據集整合後的批次矯正
劉小澤寫於2020.7.7 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細胞交響樂
2020-07-08 23:50:03
原创 單細胞交響樂8-marker基因檢測
劉小澤寫於2020.7.3+7.5 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細
2020-07-06 13:18:33
原创 單細胞交響樂7-聚類分羣
劉小澤寫於2020.6.30 + 7.2 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介
2020-07-03 13:18:37
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原创 想在Mac上安裝多個R版本？Easy！
劉小澤寫於2020.7.3 之前Mac用戶一直吐槽Rstudio不能安裝多個R語言版本，現在福利來啦！ 前言 最近使用SingleCellExperiment這個R包時，有個函數始終不能用。結果一看才發現，我使用的版本是基於3.6的，而
2020-07-03 13:18:37
原创 單細胞交響樂6-降維
劉小澤寫於2020.6.29-30 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細
2020-06-30 17:56:47
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原创 單細胞交響樂5-挑選高變化基因
劉小澤寫於2020.6.28 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細胞交響
2020-06-29 17:47:14
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原创 單細胞交響樂4-歸一化
劉小澤寫於2020.6.26 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細胞交響
2020-06-28 17:28:14
原创 Rstudio小技巧之高亮你的函數
劉小澤寫於2020.6.23 今天這個小技巧還是很實用的，並且很簡單的一個設置 常規的界面 我們可以在設置中更換很多主題背景色，但是函數依然是區分不開，尤其是當函數多的時候，只能通過括號來區分各個函數 進行設置 Tools => Gl
2020-06-24 18:23:55
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原创 ChIP-Seq分析之ChIPQC結果含義
劉小澤寫於2020.6.20 首先是ChIP-Seq分析的前言介紹部分： 1：瞭解ChIP-seq的實驗流程 2：繼續瞭解ChIP-Seq 3：關於ChIP-Seq的實驗對照與偏差來源 4：ChIP-Seq的實驗設計補充 5：ChIP-
2020-06-21 18:20:57
原创 ChIP-Seq數據質控之使用ChIPQC
劉小澤寫於2020.6.18 首先是ChIP-Seq分析的前言介紹部分： 1：瞭解ChIP-seq的實驗流程 2：繼續瞭解ChIP-Seq 3：關於ChIP-Seq的實驗對照與偏差來源 4：ChIP-Seq的實驗設計補充 5：ChIP-S
2020-06-19 17:28:26
原创 也許是最方便的SRA數據下載方式
劉小澤寫於2020.6.15 之前下載數據會自己去GEO找sra-selector，然後下載SRA後使用fastq-dump轉爲fq，或者可以自己去找fastq的下載鏈接，直接下載，省去轉換數據這一步。但還有更”懶“的方法：自己只需要輸入
2020-06-16 22:42:05
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原创 學習一遍ChIPseeker的使用
劉小澤寫於2020.5.23-24 Y叔的原文在：https://mp.weixin.qq.com/s/3CMj0xejiV-FSMC-Vxd_-w 0 ChIPseeker的誕生 Y叔一開始使用ChIPpeakAnno進行註釋，但使用
2020-06-14 03:30:43
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原创 強強聯合的基因ID轉換
劉小澤寫於2020.5.28 Ensemble轉Symbol其實不是這麼簡單，問題百出，需要留意 0 今天遇到一個需求，先來看看 有這樣的四個文件，每個文件中都有兩列Ensembl ID，從命名可以看到是人類的ID 如何辨別Ense
2020-06-14 03:30:43
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原创 R語言二十週年，Hadley Wickham訪談
劉小澤寫於2020.6.10 在Medium看到有一個關於哈德雷的專訪，分享給大家【老哈可是花花的偶像】 如果你身邊有朋友在學R語言，卻不認識哈德雷，那真的有必要普及一下了： https://medium.com/nightingale/
2020-06-14 03:30:33