原创 scRNA數據分析處理流程
1.cellranger 數據拆分 2.cellranger 數據統計 3.下游分析（標準化） 4.細胞聚類 5.全自動細胞類型註釋 6.僞時間分析
2019-06-28 23:15:37
原创 宏基因組分析流程
1.md5sum+trimmomatic md5sum SRR1976948_1.fastq.gz SRR1976948_2.fastq.gz java -jar /data/XXXXX/software/software/Tr
2019-06-28 23:15:37
原创 miR數據分析處理流程
1.rename方便後續處理。 2.trim_galore去接頭。 #這個軟件使用之前要先安裝fastqc和cutadapt ls -d OV*|while read OV; do echo $OV; trim_galore -q
2019-06-27 23:01:47
原创 轉錄組分析處理流程
1.fastqc 2.STAR ##build_index STAR --runThreadN 9 --runMode genomeGenerate \ --genomeDir /data/XXXXX/bio/task_LE-mi
2019-06-27 23:01:47
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原创 kaggle
kaggle（以下選擇性用R/python來完成） 先做點playground。 1st：Predict Future Sales（R） https://www.kaggle.com/c/competitive-data-s
2019-05-01 08:58:39
原创 WGS數據分析處理流程
1.拿到數據後先檢查數據是否完整。用md5sum命令。 #生成md5文件 ls KPGP*| while read KPGP; do echo $KPGP;md5sum ${KPGP} >> ${KPGP}.md5; done #檢
2019-05-01 08:58:38
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原创 TCGA樣本編號
TCGA樣本編號爲：TCGA - A6 - 6650 - 01A - 11R - 1774 - 07 詳解： TCGA：Project 項目名稱 A6：TSS 組織來源代碼 6650：Participant 科研參與者 01A：
2018-12-01 00:08:50
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原创 ROC曲線概略
作用 1.查出任意邊界值對疾病識別能力 2.選擇最佳診斷界限值，越靠近左上角，accurary越高 3.進行比較，AUC越大，效果越好 AUC AUC 效果 AUC>0.9 較高準確性 0.7<AUC<0.9 有一定
2018-12-01 00:08:50
原创 離羣值的處理
離羣值的產生 1.總體固有 2.由實驗，觀測等產生 離羣值的處理 保留，修正，剔除，替補… 檢驗方法的選擇 1.限定檢出個數<=1時： n method n<31 Grubbs法 n>30 正態，偏度-峯度檢驗
2018-12-01 00:08:50
原创 關於自由度
我們做統計的時候常會用到自由度，那麼怎樣才能更好的理解自由度呢。 自由度，從定義來看，是在計算某一統計量時，取值不受限制的變量個數。即df = n（樣本量） - k（被限制條件/變量個數）。 舉個簡單的栗子。 在估算總體均值時，由於樣
2018-12-01 00:08:49
原创 NGS測序二三事
NGS測序的二三事常見誤區一些計算duplication reads清洗數據後RPM的計算 常見誤區 在測序時，我們需要將DNA打斷成fragment，構建library。這些fragment需要接上adaptor再擴增。illumi
2018-12-01 00:08:44
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原创 linux，R，python中常用命令（持續更新）
linux ssh cp mv ls cat grep chmod which head less find ps top nohup … & jobs vi … dir() setwd() make cat *.sql > merg
2018-12-01 00:08:44
原创 關於p-value
p-value的六大原則 1. p值可以指示數據與給定模型的不相容程度 我們基於一系列的假設建立的模型爲原假設，同時我們還會建設零假設，即指某種我們想要檢測的效應不存在，例如兩組無差，或者某個因子與結果無關。p值越小，說明數據與零假設
2018-12-01 00:08:44