你將從這裏發現一些有用的UNIX命令，它們將會是你探索下一代測序數據的有力支撐。此外，從這裏你還可以發現更多更有用的命令.直接在命令行處敲這些命令將會詳細介紹它們. clear or Ctrl-l: clear screen上下箭
在評估下機數據的時候，如果發現數據去重複之後無法達到目標覆蓋度，那麼就需要進一步加測。然而，有些文庫複雜度很低，即使加測很多數據也無法得到更多的有效信息。那麼如何評估文庫複雜度，判斷是否有加測的必要呢？ 使用preseq軟件可以實現根據現
meta分析中需要調研大量文獻, pubmed數據庫是主要來源, 但是pubmed 導出的文本文件,可讀性非常差,並且考慮到需要對文獻進行篩選和標記,xlsx是個很好的選擇. 下面代碼是把 xml 轉化爲 xlsx #!/usr/
昨天晚上和今天抽空實現了Burrows Wheleer Tansform,並且嘗試利用BWT，將短序列比對到長序列中。BWT的核心我覺得是要理解兩個原則： 1. F序列的每個元素是下標對應的L元素的後一位。 2. 排序後，F中第一個A和L
問題描述：有時經常遇到重測序的數據加測的問題，或者NCBI上下載的數據中一個樣本測了幾個庫，這個時候一個樣本就會有兩對或多對fastq文件。如果你把每個樣本分別比對，使用了不同的ID，那麼合併之後的ID就需要重新修改成樣本名，才能
測序數據量： 常見的測序量概念有 M 和 G ，for example 10M 和 10G 解釋： M 常用於描述reads 的數量。 例如 10M 就是 10 *10^6 條reads G 常用於描述這一批次測序共有的鹼基數量。 例
生殖系突變（Germline mutation） 與 體細胞突變 （Somatic mutation） 生殖系突變（英語：Germline mutation）是指在生殖細胞中發生的任何可檢測、可遺傳的突變。 在生殖細胞系以外的細胞中發生的
