原创 在阿里雲esc上啓動jupyter notebook
如常配置python 和 jupyter notebook 但在啓動jupyter notebook 報錯： OSError: [Errno 99]Cannot assign requested address Solution：
2020-06-16 02:01:42
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原创 登入docker -- debian版本後需要更新的鏡像
step1 查看debian版本 cat /etc/os-release step2 更新apt-get 鏡像 爲阿里雲鏡像 cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak vi
2020-06-16 02:01:42
原创 高通量測序中常見名詞解釋
測序數據量： 常見的測序量概念有 M 和 G ，for example 10M 和 10G 解釋： M 常用於描述reads 的數量。 例如 10M 就是 10 *10^6 條reads G 常用於描述這一批次測序共有的鹼基數量。 例
2020-06-16 02:01:42
原创 生物信息名稱備忘錄
生殖系突變（Germline mutation） 與 體細胞突變 （Somatic mutation） 生殖系突變（英語：Germline mutation）是指在生殖細胞中發生的任何可檢測、可遺傳的突變。 在生殖細胞系以外的細胞中發生的
2020-06-16 02:01:42
原创 將kaggle的competition中的Titanic數據集直接下載到Colab
!pip install -U -q kaggle !mkdir -p ~/.kaggle !echo '{"username":"bruce374","key":"43313de75c23e8c5a1b9713cc04183c0"}'
2020-06-16 02:01:42
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原创 python中 @符號 表示修飾符
@ 表示修飾符，可以在模塊或者類的定義層內對函數進行修飾。出現在函數定義的前一行，不允許和函數定義在同一行 def makebold(fn): def warp(): return "<a>"+fn()+"
2020-06-16 02:01:42
原创 Linux-Debian 9 配置apt-get源
查看Debian 版本 cat /etc/apt/sources.list 備份原來的源配置文件 cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup 重新編寫源配置文件vim
2020-03-13 08:14:35
原创 Linux改變終端用戶名的顏色
echo 'PS1 = "\[\e[37;40m\][\[\e[32;40m\]\u\[\e[37;40m\]@\h \[\e[36;40m\]\W\[\e[0m\]]\$"' >> ~/.bash_profile source ~/.
2020-03-11 23:39:19
原创 10X genomics scRNA_Seq 原理概念解說
單細胞分離--測序原理 10X Genomics採用Drop-Seq技術， 橫向孔道逐個導入凝膠微珠Gel beads，第一個縱向道輸入細胞。當凝膠微珠和細胞碰撞會被吸附在微珠上，然後通過微流控技術運送到第二個縱向通道（“油管”）。這時就
2020-02-21 19:45:50
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原创 PICRUSt工具使用過程中的概念理解
1. MiSeq 2x250 16S V4 下機測序數據經下面pipeline代碼轉換爲OTU table #!/bin/bash if [ x$usearch == x ] ; then echo Must set \$usear
2020-02-21 19:45:50
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原创 10X cellranger count 後的數據認識和使用
對SRR7722937的三個fastq文件運行cellranger count ，完成後得到結果文件存於SRR7722937，打開其下的outs文件夾 下游分析所需的是紅框
2020-02-21 19:45:50
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原创 10X_Genomics_scRNA_Seq 名詞解釋
Sample（樣本）：單個生物來源（血液、組織等）提取的細胞混懸液。（標示是index） Library（文庫）：從一個樣本製備的1個10X-barcoded測序文庫，對應着一個10x Chromium Controller run 的單
2020-02-21 19:45:50
原创 centos7服務器安裝Rstudio-server
1.先安裝R（若無R） sudo yum install R 2.下載&安裝rstudio-server wget -c https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstu
2020-02-21 19:45:50
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原创 cnetos7 下Rstudio安裝hdf5r包
1.首先下載hdf5 源碼，版本1.10.6的tar.gz 2.解壓，用root安裝(一定要注意--prefix路徑，不能改變) ./configure --prefix=/usr --enable-fortran --enable-c
2020-02-21 19:45:40
原创 MultiClass VS MultiLabels
1.多類別分類和多標籤分類的區別 有多個類別，但每個實例只分配一個，因此這些問題被稱爲多類分類（MultiClass）問題 例如電影限制級別，一部電影只會被劃分成一種限制級別 有多個類別，但每個實例可以分配到多個不同類別（
2019-09-26 19:52:58