原创 4、RNAseq(4)--Hisat2進行序列比對及Samtools格式轉化
概況：使用處理後的fastq文件和基因組與轉錄組比對，確定在轉錄組或者基因組中的關係。在轉錄組和基因組的比對採取的方案不同。分別是ungapped alignment to transcriptome和Gapped aligenment t
2020-06-14 04:06:42
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原创 5、RNAseq(5)--reads count(htseq-count)與基因註釋（bioMart）
理論基礎 在上篇的比對中，我們需要糾結是否真的需要比對，如果你只需要知道已知基因的表達情況，那麼可以選擇alignment-free工具（例如salmon, sailfish)，如果你需要找到noval isoforms，那麼就需要alig
2020-06-14 04:06:42
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原创 2、RNAseq(2)--測序原始數據處理（Clean data）
1、fastq文件 一般我們從公司裏得到的原始測序數據都是屬於fastq.gz文件, .gz是一種壓縮格式的縮寫，於是首先第一步是對這些壓縮格式進行解壓操作 gzip -d 19R576_combined_R1.fastq.gz 19R
2020-06-14 04:06:42
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原创 1、RNAseq (1) 生信分析軟件安裝—conda的安裝與使用
conda簡介 Conda 是一個開源的軟件包管理系統和環境管理系統，用於安裝多個版本的軟件包及其依賴關係，並在它們之間輕鬆切換。 Conda 是爲 Python 程序創建的，適用於 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分發
2020-06-14 04:06:42
原创 提高科研效率的一些小網站
一、網站（鏡像） 1、大木蟲學術導航是一個功能非常強大的學術導航網站，非常適合學術研究。這裏包括上百個學術搜索網站，彙集全網優質學術相關網址及資源，讓你的科研生活更精彩。 鏈接：http://www.4243.net/ 2. 虫部落 鏈接
2020-06-14 04:06:42
原创 蛋白質電泳
western blot 1、清洗板子，兩塊大膠（1.0 mm）,兩塊薄板。用紗布倒少許洗潔精至海綿面，來回仔細搓洗，特別是大板兩邊凹/凸起部分，然後蒸餾水沖洗，薄板兩邊要仔細清洗。55 ℃烘箱30 min, 拿出後用無塵紙講殘餘液體吸乾。
2019-08-12 19:46:20
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原创 【R<-數據】subset,transform 和within函數
經常在數據處理的過程中，需要對選擇數據子集進行數據處理以及用變換變量的辦法創建新的數據框，此時就需要通過subset(),transform()以及within()函數使得這一過程更加簡便。 示例： # 加載ISwR package > l
2019-07-03 20:25:30
原创 【R->練習】生物統計學練習4
一、數據如文件1_data.txt所示，x爲自變量，y爲因變量 （1） 畫出y~x散點圖 （2） 求y=ax+b的迴歸方程，並在散點圖上畫出迴歸直線； （3） 計算x和y的相關係數 （4） 求（2）中得到的迴歸模型的殘差並計算是否滿足正太分
2019-05-29 18:51:32