原创 R語言中多列數據計算相關係數及其顯著性
這個網站的主題越來越好了，markdown寫作真的會上癮，加上這麼好的編輯器，真的是不要太爽喔！ 知乎，微信公衆號編輯器推薦： https://mdnice.com/ 下面是正文，寫這個主題是因爲我想計算一下相關係數和顯著性，發現
2020-05-19 08:57:03
原创 如何下載learnasreml軟件包 R包
learnasreml軟件包介紹： 大家好，我是鄧飛，learnasreml是我編寫的學習asreml軟件的包，裏面有一些常用的數據，結果整理代碼，方便更好的學習和使用asreml軟件。該包在windows10和Centos系統下
2020-05-19 08:57:03
原创 data.table中setkey 報錯： i has not evaluated to logical, integer or double
表型數據清洗 1. 生成數據 library(data.table) test = data.frame(ID = paste0("A",1:1000),y = rnorm(1000)) sampleid = data.frame
2020-05-19 08:57:03
原创 R語言中寫入Excel的不同sheet表格
灌水系列 這是一個朋友提的問題，R語言中有多個數據框，本來是一個數據框寫入一個Excel表。但是現在想要寫入到一個Excel表中，畢竟Excel纔是最通用的軟件，把每個數據框寫入Excel不同的sheet表。 問題解決 代碼演
2020-05-16 12:00:24
原创 混合線性模型學習筆記1
1. 課程來源： https://02429.compute.dtu.dk/Frontpage 需要安裝的R包 install.packages(c('lmerTest', 'lsmeans', 'car', 'multcomp
2020-05-04 20:26:35
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原创 混合線性模型學習筆記2
1. 模塊劃分 2. 一個簡單的示例 查看兩種商品，是否一致，HPLC和NIR。 那麼可以利用配對T檢驗，進行分析： setwd("C:\\Users\\Dengfei\\Desktop\\reml\\mixed-model
2020-05-04 20:26:35
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原创 翻譯學習 | 混合線性模型的思考
1. 前言 這篇文檔，是爲那些想了解混合線性模型的人準備的。這裏面很多部分，可以在很多領域中使用 。我們假定大家對一些矩陣和線性迴歸的理論有所瞭解，但是更高級的知識只有模糊的認識，希望對你有所幫助。 混合線性模型，不同的學科有不同
2020-05-04 20:26:35
原创 筆記 GWAS 操作流程3：plink關聯分析
文件 HapMap_3_r3_11.bed HapMap_3_r3_11.bim HapMap_3_r3_11.fam HapMap_3_r3_11.log 1. 查看數據 這裏，文件是bed文件，二進制不方便查看，我們
2020-05-04 20:26:35
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原创 混合模型學習筆記3
1. 標題 2. 幾個概念 什麼是因子，什麼是水平？ 因子間的交互 3. 什麼是平衡數據 4. R代碼操作 #########################################################
2020-05-04 20:26:35
原创 混合線性模型學習筆記4
1. 題目： 混合線性模型理論1 2. 大綱 3. 一般線性模型 矩陣解釋： 4. 混合線性模型 矩陣形式推導： 5. 單因素隨機區組：混合線性模型 固定因子：單因素 隨機因子：區組 寫出似然函數： 使用REML
2020-05-04 20:26:35
原创 混合線性模型筆記2：概念解釋
上一章節中，我們介紹了混合線性模型中的模型假定，這一章節，用一個動物育種的示例，介紹固定因子，隨機因子以及相關矩陣的推導，明確什麼是G矩陣，什麼是R矩陣，以及他們和方差組分的關係。直和和直積也是重要的概念，特別是多個隨機因子以及隨
2020-05-04 20:26:35
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原创 筆記 GWAS 操作流程2-6：去掉親緣關係近的個體
這裏，我們要對一些親子關係的個體，進行一下過濾，計算類似IBS的結果。 注意： 這裏講親子關係的個體移除，不是必須要的，比如我們分析的羣體裏面有親子關係的個體，想要進行分析，不需要做這一步的篩選。 1. 計算pihat > 0
2020-04-28 22:29:18
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原创 筆記 GWAS 操作流程2-5：雜合率檢驗
一般自然羣體，基因型個體的雜合度過高或者過低，都不正常，我們需要根據雜合度進行過濾。偏差可能表明樣品受到污染，近親繁殖。我們建議刪除樣品雜合率平均值中偏離±3 SD的個體。 我的理解：非自然羣體中，比如自交系，雜交種F1，這些羣
2020-04-22 05:38:13
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原创 筆記 GWAS 操作流程2-4：哈溫平衡檢驗
什麼是哈溫平衡？ 哈迪-溫伯格(Hardy-Weinberg)法則 哈迪-溫伯格（Hardy-Weinberg）法則是羣體遺傳中最重要的原理，它解釋了繁殖如何影響羣體的基因和基因型頻率。這個法則是用Hardy,G.H (英國數學
2020-04-18 17:58:28
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原创 筆記 | GWAS 操作流程1：下載數據
這裏，總結一下GWAS的學習筆記，GWAS全稱“全基因組關聯分析”，使用統計模型找到與性狀關聯的位點，用於分子標記選擇（MAS）或者基因定位，這次學習的教程是plink做GWAS，plink是個很好的軟件，但是之前做GWAS都是使
2020-04-06 02:56:16
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