原创 ASReml-R如何擬合空間效應與競爭效應的林木遺傳分析模型
2017年我們在《華南農業大學學報》上發表了名爲《基於空間效應與競爭效應的林木遺傳分析模型》（http://xuebao.scau.edu.cn/zr/hnny_zr/ch/reader/view_abstract.aspx?fi
2020-06-13 09:20:59
原创 用R分析COVID-19流行病學[譯文]
作者簡介：Tim Churches是新南威爾士大學臨牀醫學院的高級研究員，也是Ingham應用醫學研究所的健康數據科學家。 他的研究領域是普通醫學、全科醫學、職業衛生、公共衛生實踐，尤其是人口健康監測和臨牀流行病學。 英文原文的鏈
2020-06-13 09:20:59
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原创 如何對一個或多個asreml模型結果進行批量pin計算
1 pin.batch 用於單個asreml模型結果的批量pin計算，用法如下： ## S3 method for class 'asreml' pin.batch(object, mulp, digit = 4, signif
2020-06-13 09:20:59
原创 AAfun4包的所有函數及其功能-10月更新
AAfun4包是本人根據多年的遺傳評估經驗，基於asreml包開發的輔助程序包，用於增加一些輔助函數，實現一些特定的功能，比如模型的批量分析，遺傳參數的批量計算及顯著性檢驗，模型的批量比較及其LRT檢驗，GBLUP或SS-GBLU
2020-06-13 09:20:59
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原创 用R語言玩玩股票(二)
聲明：本人不炒股，貼子純爲娛樂！ 爲何要學編程？ 1. 訓練邏輯思維（預防癡呆） 2. 減少重複勞動（過程不輕鬆） 3. 提高分析效率（需反覆摸索） 在上一篇的博文1裏，用R語言簡單示範了茅臺股票的一些分析。如果我們想一次性分析多
2020-06-13 09:20:59
原创 AAfun4包的新函數
主要針對原有的asreml.batch()，增加了兩個函數：repin和update，用於計算新的遺傳參數，或者重新運行新的批量分析。最新版的asreml.batch()，基本上能涵蓋常見所有的可用模型，比如家系模型，個體模型，空
2020-06-13 09:20:59
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原创 用R進行相關分析及其製圖可視化
1 R基礎包stats裏的cor函數 R代碼如下： options(digits=2) library(RSTAT2D); data('d5.8.1.1') df <- d5.8.1.1[,-1] cov(df) cor(d
2020-05-20 16:48:34
原创 R語言問題集錦
Rstudio安裝後，在win10系統上無法運行。 解決方案：右擊Rstudio圖標，選擇屬性，選擇兼容性，並勾選管理員權限。 參考網頁：win10系統Rstudio無法運行問題 怎麼知道R程序包是否安裝成功 如上圖所示
2020-05-20 16:48:34
原创 基於植物試驗的GBLUP模型之Echidna篇
使用與基於譜系預測相同的混合模型方程，但用基於分子標記的G矩陣代替A矩陣來計算基因組估計育種值（genomic estimated breeding values，GEBV），這種方法就稱爲GBLUP。相對地，基於譜系的方法就可以
2020-05-20 16:48:34
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原创 dplyr包的copy版--poorman包應用實例
poorman包，在作者來看，他要做成dplyr包的copy版，但不需要其它依賴包，這是poorman包的初衷。也是我可能會喜歡這個包的原因所在。 R語言的強大在它有很多的程序包，同時，它的缺點是這些程序包往往又基於其它的程序包，
2020-05-20 16:48:34
原创 win系統下，perl聯合conTEXT編輯器運行.exe程序
1 perl的安裝 安裝地址，strawberry 2 context安裝 安裝地址，context 3 perl在context中的設置 設置過程： 打開context，點擊菜單欄options，選擇Environment Op
2020-04-21 07:57:46
原创 基於R語言的aov通用批量分析
之前的博文for循環與plyr包執行方差分析及其多重比較的批量分析裏提到使用兩種方法進行aov批量分析，但侷限是方差分析模型是固定的，那麼有沒有辦法將其改爲通用型函數。 答案是當然可以！ 1 首先改寫通用函數 // aov bat
2020-03-16 20:58:01
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原创 利用R語言簡單的時間序列模型預測韓國、日本、伊朗和意大利的疫情趨勢
問題：韓國、日本、伊朗和意大利的新型冠狀病毒肺炎疫情是除了我國之外，目前疫情最嚴重的4個國家，那麼之後疫情會有怎樣的變化趨勢？ 方法：採用R語言forecast包的auto.arima函數進行預測。 1 數據採集 利用騰訊微信提供
2020-03-03 06:07:33
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原创 批量求解基於電導率的植物半致死溫度
1 問題的提出 問題：一批植物材料，設定了不同梯度的溫度，每個處理重複3次，並測定了相對電導率，想計算各種基因型的半致死溫度。 方法：採用文獻《應用Logistic方程確定植物組織低溫半致死溫度的研究》的方法進行計算。 前言：很遺
2020-03-03 06:07:33