win系統下，perl聯合conTEXT編輯器運行.exe程序

1 perl的安裝

安裝地址，strawberry

2 context安裝

安裝地址，context

3 perl在context中的設置

設置過程：
打開context，點擊菜單欄options，選擇Environment Options，點擊Execute Keys，點擊Add鍵，輸入pl，點擊OK，點擊F9，然後在右側設置perl程序所在的路徑，其次輸入下圖的相應參數值:

4 運行示例程序Echidna

現在就可以通過perl來運行.exe程序，其通過perl程序和.exe程序兩部分實現。

4.1 perl程序部分

// perl part
 #! /usr/bin/perl #-w
 
 # set up working directory
 chdir "D:/pgdat/ch6/echidna";
 
 # echidna program
 $Echidna="D:/softs/ASReml/Echidna/Echidna113/BIN/Echidna.exe";
 
 # parameter files for runing
 $input="prov.es"; #inputfile
 
 # running programs
 $system_check=system("$Echidna $input"); 
 

perl程序部分的文件可存爲run.echidna.pl。

4.2 echidna程序部分

// echidna part
!RXL !WORKSPACE 2 !OUT !RE !ARG 1
Title: Pine_provenance.
#treeid,female,male,prov,block,plot,height,diameter,volume
 Treeid  !I
 Male    *
 Female  !I 36
 Prov    !I
 Block *
 Plot  *
 height   diameter    volume  !*10
#D:\myworks\mybook\mynb\data\
!folder  D:\pgdat\data
chp2.Provenance.csv !SKIP 1 !SLN !YHT !DDF 1 !MAXIT 20 !DOPART $1

!PART 1
height  ~ mu  Prov !f mv,    # Specify fixed model
         !r  Female*Block        # Specify random model
residual units

PREDICT  Prov Female  !present Prov Female

echidna程序部分的文件可存爲prov.es。

4.3 運行程序

在context中運行run.echidna.pl，可通過點擊F9鍵直接運行。即可完成echidna程序對prov.es的代碼分析。

5 優點

通過這種方式，無需在dos狀態下運行.exe程序，例如本地blast或BLUPf90；其次，無需在context反覆設置Execute Keys，例如ASReml軟件，它可能處理很多不同後綴的文件，但需要先在context中設置。