原创 泛基因組分析流程psvcp：試着運行流程中提供的示例數據
流程github 主頁 https://github.com/wjian8/psvcp_v1.01 對應論文 A pangenome analysis pipeline provides insights into functional
2023-02-08 06:09:29
原创 學習docker：安裝
linux操作系統 查了一下，瞭解到好像只有root用戶能夠安裝docker （不確定）,還好自已租了一臺雲服務器，有root權限 那安裝好以後普通用戶可以使用docker嗎？ 安裝參考鏈接 https://docs.docker.com/
2023-02-06 02:31:11
原创 集羣上查看每個節點的cpu數和內存
sinfo -o "%n %e %m %a %c %c" 來源 https://stackoom.com/question/2nHzb
2023-02-04 23:04:13
原创 跟着BMC Plant Biology學作圖：R語言ggtree圓形樹形圖並添加分組背景色
論文 Comparative analysis of de novo genomes reveals dynamic intra‑species divergence of NLRs in pepper 數據和代碼 https://gi
2023-02-02 20:01:33
原创 泛基因組分析流程ppsPCP
論文 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/20/4156/5372683?login=false ppsPCP: a plant presence/absence vari
2023-02-02 20:01:33
原创 三代HiFi測序數據去除接頭序列
首先查到了一個軟件是 Cutadapt https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/ 看了一下幫助文檔 這個軟件去接頭需要指定接頭的序列，但是有一個問題是我們如何知道這個測序數據中的接頭序列是啥？每種
2023-02-01 16:43:24
原创 跟着Briefings in Bioinformatics學數據分析：植物線粒體基因組組裝流程GSAT初步嘗試
論文 Master graph: an essential integrated assembly model for the plant mitogenome based on a graph-based framework http
2023-02-01 16:43:24
原创 鑑定tandem repeats的python腳本
鏈接 https://github.com/rohansachdeva/tandem_repeats python 代碼寫的 有時間可以學習一下他的代碼 論文 https://journals.plos.org/plosbiology/ar
2023-01-30 10:57:49
原创 從國家基因組科學數據中心（NGDC）下載原始測序數據
最近在看擬南芥基因組組裝相關的論文，想把論文中提到的原始測序數據下載下來，論文中數據獲取的部分寫道 The raw sequencing data for the PacBio HiFi reads, ONT long-reads, Il
2023-01-30 10:57:49
原创 跟着春晚學配色：R語言ggplot2作圖好看的春晚配色
大年三十晚上全程看完了春晚，雖然節目很爛，還是全程堅持看完了，《國色》那個節目還是很驚豔的，如果去掉唱歌的環節，可以給打十分。今天的推文我們把其中的配色摘下來，可以試着用在我們科研數據可視化中。 以上圖片截取自央視頻 顏色截取下來
2023-01-23 19:24:54
原创 跟着Nature學作圖：R語言ggplot2散點柵格化能夠減小輸出pdf的文件大小
論文 A saturated map of common genetic variants associated with human height https://www.nature.com/articles/s41586-022-
2023-01-12 17:20:55
原创 跟着Nature Communications學作圖：synvisio在線工具展示MCScanX共線性分析的結果
synvisio在線工具 鏈接 https://synvisio.github.io/ 之前知道這個工具，但是沒有搞懂他的輸入數據格式，最近看到一篇論文 Genome-wide signatures of adaptation to ex
2023-01-11 22:42:30
原创 R語言ComplexHeatmap包做熱圖：熱圖每隔三行分開一小段
這個是有讀者在B站給我的留言問到的問題 熱圖每隔三行分開一小段 怎麼實現？我最開始的想法是用ggplot2來做，將數據拆分，每三行數據做一個圖，最後採取拼圖的方式來實現。 後來想起來R語言裏有一個做熱圖功能非常強大的R包ComplexHe
2022-12-31 14:39:43
原创 2022年12月26號倫敦飛北京經歷記錄希望能夠給1月8號之前回國的夥伴提供一些參考信息
流水賬式的記錄一下自己2022年12月26號 中國航空 倫敦直飛北京 的經歷，希望能夠給1月8號之前回國的同學提供一些參考信息 在英國登機前需要申請防疫健康碼，申請這個健康碼需要在 防疫健康碼國際版 這個小程序提交， 48小時覈算陰性
2022-12-29 16:58:59
原创 跟着Nature Communications學數據分析：R語言做隨機森林模型並對變量重要性排序
論文 Drivers and trends of global soil microbial carbon over two decades https://www.nature.com/articles/s41467-022-3183
2022-12-25 06:25:11