R包的分類介紹

《R包的分類介紹》

2010-05-18 14:41

感謝R-fox。

R分析空間數據（Spatial Data）

R機器學習包(Machine Learning)

R多元統計包（Multivariate Statistics）

R藥物（代謝）動力學數據分析包

R計算計量經濟學包（Computational Econometrics）


R機器學習包(Machine Learning)
Machine Learning & Statistical Learning （機器學習 & 統計學習）
網址：http://cran.r-project.org/web/views/MachineLearning.html維 護人員：Torsten Hothorn
版本：2008-02-18 18:19:21
翻譯：R-fox, 2008-03-18

機器學習是計算機科學和統計學的邊緣交叉領域，R關於機器學習的包主要包括以下幾個方面：
1）神經網絡（Neural Networks）：
nnet包執行單隱層前饋神經網絡，nnet是VR包的一部分（http://cran.r-project.org/web/packages/VR/index.html）。
2）遞歸拆分（Recursive Partitioning）：
遞歸拆分利用樹形結構模型，來做迴歸、分類和生存分析，主要在rpart包（http://cran.r-project.org/web/packages/rpart/index.html） 和tree包（http://cran.r-project.org/web/packages/tree/index.html） 裏執行，尤其推薦rpart包。Weka裏也有這樣的遞歸拆分法，如：J4.8, C4.5, M5，包Rweka提 供了R與Weka的函數的接口（http://cran.r-project.org/web/packages/RWeka/index.html）。
party包提供兩類遞歸拆分算法，能做到無偏的變量選擇和停止標準：函數ctree()用非參條件推斷法檢測自變量和因變量的關係；而函數mob()能 用來建立參數模型（http://cran.r-project.org/web/packages/party/index.html）。 另外，party包裏也提供二分支樹和節點分佈的可視化展示。
mvpart包是rpart的改進包，處理多元因變量的問題（http://cran.r-project.org/web/packages/mvpart/index.html）。rpart.permutation包用置換法（permutation）評估樹的有效性（http://cran.r-project.org/web/packages/rpart.permutation/index.html）。knnTree包建立一個分類樹，每個葉子節點是一個knn分類器（http://cran.r-project.org/web/packages/knnTree/index.html）。LogicReg包做邏輯迴歸分析，針對大多數自變量是二元變量的情況（http://cran.r-project.org/web/packages/LogicReg/index.html）。maptree包（http://cran.r-project.org/web/packages/maptree/index.html） 和pinktoe包（http://cran.r-project.org/web/packages/pinktoe/index.html） 提供樹結構的可視化函數。
3）隨機森林（Random Forests）：
randomForest 包提供了用隨機森林做迴歸和分類的函數（http://cran.r-project.org/web/packages/randomForest/index.html）。ipred包用bagging的思想做迴歸，分類和生存分析，組合多個模型（http://cran.r-project.org/web/packages/ipred/index.html）。party包也提供了基於條件推斷樹的隨機森林法（http://cran.r-project.org/web/packages/party/index.html）。varSelRF包用隨機森林法做變量選擇（http://cran.r-project.org/web/packages/varSelRF/index.html）。
4）Regularized and Shrinkage Methods：
lasso2包（http://cran.r-project.org/web/packages/lasso2/index.html） 和lars包（http://cran.r-project.org/web/packages/lars/index.html） 可以執行參數受到某些限制的迴歸模型。elasticnet包可計算所有的收縮參數（http://cran.r-project.org/web/packages/elasticnet/index.html）。glmpath包可以得到廣義線性模型和COX模型的L1 regularization path（http://cran.r-project.org/web/packages/glmpath/index.html）。penalized包執行lasso (L1) 和ridge (L2)懲罰迴歸模型（penalized regression models）（http://cran.r-project.org/web/packages/penalized/index.html）。pamr包執行縮小重心分類法(shrunken centroids classifier)（http://cran.r-project.org/web/packages/pamr/index.html）。earth包可做多元自適應樣條迴歸（multivariate adaptive regression splines）（http://cran.r-project.org/web/packages/earth/index.html）。
5）Boosting :
gbm包（http://cran.r-project.org/web/packages/gbm/index.html） 和boost包（http://cran.r-project.org/web/packages/boost/index.html） 執行多種多樣的梯度boosting算法，gbm包做基於樹的梯度下降boosting，boost包包括LogitBoost和L2Boost。GAMMoost包 提供基於boosting的廣義相加模型(generalized additive models)的程序（http://cran.r-project.org/web/packages/GAMMoost/index.html）。mboost包做基於模型的boosting（http://cran.r-project.org/web/packages/mboost/index.html）。
6）支持向量機（Support Vector Machines）：
e1071包的svm()函數提供R和LIBSVM的接口 （http://cran.r-project.org/web/packages/e1071/index.html）。kernlab包爲基於核函數的學習方法提供了一個靈活的框架，包括SVM、RVM……(http://cran.r-project.org/web/packages/kernlab/index.html) 。klaR 包提供了R和SVMlight的接口（http://cran.r-project.org/web/packages/klaR/index.html）。
7）貝葉斯方法（Bayesian Methods）：
BayesTree包執行Bayesian Additive Regression Trees (BART)算法（http://cran.r-project.org/web/packages/BayesTree/index.html，http://www-stat.wharton.upenn.edu/~edgeorge/Research_papers/BART%206--06.pdf）。tgp包做Bayesian半參數非線性迴歸（Bayesian nonstationary, semiparametric nonlinear regression）（http://cran.r-project.org/web/packages/tgp/index.html）。
8）基於遺傳算法的最優化（Optimization using Genetic Algorithms）：
gafit包（http://cran.r-project.org/web/packages/gafit/index.html） 和rgenoud包（http://cran.r-project.org/web/packages/rgenoud/index.html） 提供基於遺傳算法的最優化程序。
9）關聯規則（Association Rules）：
arules包提供了有效處理稀疏二元數據的數據結構，而且提供函數執Apriori和 Eclat算法挖掘頻繁項集、最大頻繁項集、閉頻繁項集和關聯規則（http://cran.r-project.org/web/packages/arules/index.html）。
10）模型選擇和確認（Model selection and validation）：
e1071包的tune()函數在指 定的範圍內選取合適的參數（http://cran.r-project.org/web/packages/e1071/index.html）。ipred包的errorest()函數用重抽樣的方法 （交叉驗證，bootstrap）估計分類錯誤率（http://cran.r-project.org/web/packages/ipred/index.html）。svmpath包裏的函數可用來選取支持向量機的cost參數C（http://cran.r-project.org/web/packages/svmpath/index.html）。ROCR包提供了可視化分類器執行效果的函數，如畫ROC曲線（http://cran.r-project.org/web/packages/ROCR/index.html）。caret包供了各種建立預測模型的函數，包括參數選擇和重要性量度（http://cran.r-project.org/web/packages/caret/index.html）。caretLSF包（http://cran.r-project.org/web/packages/caretLSF/index.html） 和caretNWS（http://cran.r-project.org/web/packages/caretNWS/index.html） 包提供了與caret包類似的功能。
11）統計學習基礎（Elements of Statistical Learning）：
書《The Elements of Statistical Learning: Data Mining, Inference, and Prediction 》（http://www-stat.stanford.edu/~tibs/ElemStatLearn/）裏的 數據集、函數、例子都被打包放在ElemStatLearn包裏（http://cran.r-project.org/web/packages/ElemStatLearn/index.html）。