MEME從安裝到使用

一、MEME安裝
最新版本的MEME依賴perl 5.10.1版本及以上，所以需要安裝perl。
1. 下載perl並安裝
download URL
安裝follow:

tar zxvf perl.tar.gz
cd /path/to/your/perl
./Configure -des -Dprefix=/path/to/your/perl -Dusethreads
make  ##take a lot of time
make test 
make install
vi .bash_profile

2.下載並安裝MEME
download URL
安裝follow：

tar zxf meme.tar.gz
cd meme_4.11.3
./configure --prefix=path/to/your/meme --with-url=http://meme-suite.org --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt
make
make test
make install

二、MEME的使用
1. 使用jaspar下載的pfm文件
jaspar pfm文件下載處
2. 使用MEME內置jaspar2meme將pfm文件轉爲MEME可接收的motif文件
*注：安裝perl太慢，所以直接使用服務器上的meme_4.9.0版本，2016版本的pfm文件需要，刪除第一行及編號行，只保留count matrix部分，且只需要指定輸入的文件格式以及文件所在的文件夾即可