Linux樹狀目錄：
通常情況下，根文件系統所佔空間一般應該比較小，因爲其中的絕大部分文件都不需要經常改 動，而且一個嚴格和小的、不經常改變的文件系統不容易損壞。除了可能的一個叫／vmlinuz標準的系統引導映像之外，根目錄一般不含任何文件。所有其他文件在根文件系統的子目錄中。
/bin目錄
包含了引導啓動所需的命令或普通用戶可能用的命令(可能在引導啓動後)。這些命令都是二進制文件的可執行程序(bin是binary -- 二進制的簡稱)，多是系統中重要的系統文件。
/sbin目錄
類似/bin ，也用於存儲二進制文件。因爲其中的大部分文件多是系統管理員使用的基本的系統程序，所以雖然普通用戶必要且允許時可以使用，但一般不給普通用戶使用。
/etc目錄
目錄存放着各種系統配置文件，其中包括了用戶信息文件/etc/passwd，系統初始化文件/etc/rc等。Linux正是靠這些文件才得以正常地運行。
/root目錄
超級用戶目錄。
/lib目錄
目錄是根文件系統上的程序所需的共享庫，存放了根文件系統程序運行所需的共享文件。這些文件包含了可被許多程序共享的代碼，以避免每個程序都包含有相同的子程序的副本，故可以使得可執行文件變得更小，節省空間。
/lib/modules 目錄
目錄包含系統核心可加載各種模塊，尤其是那些在恢復損壞的系統時重新引導系統所需的模塊 (例如網絡和文件系統驅動)。
/dev目錄
目錄存放了設備文件，即設備驅動程序，用戶通過這些文件訪問外部設備。比如，用戶可以通過訪問/dev/mouse來訪問鼠標的輸入，就像訪問其他文件一樣。
/tmp目錄
目錄存放程序在運行時產生的信息和數據。但在引導啓動後，運行的程序最好使用/var/tmp來代替/tmp ，因爲前者可能擁有一個更大的磁盤空間。
/boot目錄
目錄存放引導加載器(bootstrap loader)使用的文件，如LILO，核心映像也經常放在這裏，而不是放在根目錄中。但是如果有許多核心映像，這個目錄就可能變得很大，這時使用單獨的文件系統會更好一些。還有一點要注意的是，要確保核心映像必須在IDE硬盤的前1024柱面內。
/mnt目錄
目錄是系統管理員臨時安裝(mount)文件系統的安裝點。程序並不自動支持安裝到/mnt 。/mnt 下面可以分爲許多子目錄，例如/mnt/dosa 可能是使用MS DOS文件系統的軟驅，而 /mnt/exta 可能是使用ext 2文件系統的軟驅，/mnt/cdrom 光驅等等。
/etc文件系統
/etc/rc或/etc/rc.d或/etc/rc.d 啓動、或改變運行級時運行的腳本或腳本的目錄。
/etc/passwd用戶數據庫，其中的域給出了用戶名、真實姓名、用戶起始目錄、加密口令和用戶 的其他信息。
/etc/fdprm軟盤參數表，用以說明不同的軟盤格式。可用setfdprm 進行設置。更多的信息見setfdprm的幫助頁。
/etc/group類似/etc/passwd ，但說明的不是用戶信息而是組的信息。包括組的各種數據。
/etc/inittabinit 的配置文件。
/etc/issue包括用戶在登錄提示符前的輸出信息。通常包括系統的一段短說明或歡迎信息。具體內容由 系統管理員確定。
/etc/magic“file”的配置文件。包含不同文件格式的說明，“file”基於它猜測文件類型。
/etc/motd motd是Message Of The Day的縮寫，用戶成功登錄後自動輸出。內容由系統管理員確定。
常用於通告信息，如計劃關機時間的警告等。
/etc/mtab當前安裝的文件系統列表。由腳本(scritp)初始化，並由mount 命令自動更新。當需要一個當前安裝的文件系統的列表時使用(例如df 命令)。
/etc/shadow在安裝了影子(shadow)口令軟件的系統上的影子口令文件。影子口令文件將/etc/passwd文件中的加密口令移動到/etc/shadow中，而後者只對超級用戶(root)可讀。這使破譯口令更困難，以此增加系統的安全性。
/etc/login.defs login命令的配置文件。
/etc/printcap 類似/etc/termcap ，但針對打印機。語法不同。
/etc/profile 、/etc/csh.login、/etc/csh.cshrc 登錄或啓動時Bourne或C shells執行的文件。這允許系統管理員爲所有用戶建立全局缺省環境。
/etc/securetty 確認安全終端，即哪個終端允許超級用戶(root)登錄。一般只列出虛擬控制檯，這樣就不可能(至少很困難)通過調制解調器(modem)或網絡闖入系統並得到超級用戶特權。
/etc/shells 列出可以使用的shell。chsh 命令允許用戶在本文件指定範圍內改變登錄的shell。提供一臺機器FTP服務的服務進程ftpd 檢查用戶shell是否列在/etc/shells 文件中，如果不是，將不允許該用戶登錄。
/etc/termcap 終端性能數據庫。說明不同的終端用什麼“轉義序列”控制。寫程序時不直接輸出轉義序列(這樣只能工作於特定品牌的終端)，而是從/etc/termcap 中查找要做的工作的正確序列。
這樣，多數的程序可以在多數終端上運行。
/dev文件系統
/dev/console 系統控制檯，也就是直接和系統連接的監視器。
/dev/hd I D E 硬盤驅動程序接口。如：/dev/hda指的是第一個硬盤， had1則是指/dev/hda的第一個分區。如系統中有其他的硬盤，則依次爲/dev/hdb、/dev/hdc、. . . . . .；如有多個分區則依次爲 hda1、hda2 . . . . . .
/dev/sd SCSI磁盤驅動程序接口。如有系統有SCSI硬盤，就不會訪問/dev/had，而會訪問/dev/sda。
/dev/fd 軟驅設備驅動程序。如：/dev/fd0指系統的第一個軟盤，也就是通常所說的A：盤，/dev/fd1指第二個軟盤，. . . . . .而/dev/fd1H1440則表示訪問驅動器1中的4.5高密盤。
/dev/st SCSI磁帶驅動器驅動程序。
/dev/tty 提供虛擬控制檯支持。如：/dev/tty1指的是系統的第一個虛擬控制檯，/dev/tty2則是系統的第二個虛擬控制檯。
/dev/pty 提供遠程登陸僞終端支持。在進行Te l n e t登錄時就要用到/dev/pty設備。
/dev/ttys 計算機串行接口，對於D O S來說就是“COM1”口。
/dev/cua 計算機串行接口，與調制解調器一起使用的設備。
/dev/null“黑洞”，所有寫入該設備的信息都將消失。例如：當想要將屏幕上的輸出信息隱藏起來時，只要將輸出信息輸入到/dev/null中即可。
/usr文件系統
/usr 是個很重要的目錄，通常這一文件系統很大，因爲所有程序安裝在這裏。/usr 裏的所有文件一般來自Linux發行版 (distribution)；本地安裝的程序和其他東西在/usr/local 下，因爲這樣可以在升級新版系統或新發行版時無須重新安裝全部程序。/usr 目錄下的許多內容是可選的，但這些功能會使用戶使用系統更加有效。/usr可容納許多大型的軟件包和它們的配置文件。下面列出一些重要的目錄(一些不太重要的目錄被省略了)。
/usr/X11R6 包含X Window系統的所有可執行程序、配置文件和支持文件。爲簡化X的開發和安裝，X的文件沒有集成到系統中。X Window系統是一個功能強大的圖形環境，提供了大量的圖形工具程序。用戶如果對Microsoft Windows或Machintosh 比較熟悉的話，就不會對X Window系統感到束手無策了。
/usr/X386 類似/usr/X11R6 ，但是是專門給X 11 Release 5的。
/usr/bin 集中了幾乎所有用戶命令，是系統的軟件庫。另有些命令在/bin 或/usr/local/bin 中。
/usr/sbin 包括了根文件系統不必要的系統管理命令，例如多數服務程序。
/usr/man、/usr/info、/usr/doc 這些目錄包含所有手冊頁、GNU信息文檔和各種其他文檔文件。每個聯機手冊的“節”都有兩個子目錄。例如：/usr/m an/man1中包含聯機手冊第一節的源碼(沒有格式化的原始文件)，/usr/man/cat1包含第一節已格式化的內容。L聯機手冊分爲以下九節：內部命令、系統調用、庫函數、設備、文件格式、遊戲、宏軟件包、系統管理和核心程序。
/usr/include 包含了C語言的頭文件，這些文件多以. h結尾，用來描述C語言程序中用到的數據結構、子過程和常量。爲了保持一致性，這實際上應該放在/usr/lib 下，但習慣上一直沿用了這個名字。
/usr/lib 包含了程序或子系統的不變的數據文件，包括一些site-wide配置文件。名字lib來源於庫(library); 編程的原始庫也存在/usr/lib 裏。當編譯程序時，程序便會和其中的庫進行連接。也有許多程序把配置文件存入其中。
/usr/local 本地安裝的軟件和其他文件放在這裏。這與/usr很相似。用戶可能會在這發現一些比較大的軟件包，如TEX、Emacs等。
/var文件系統
/var 包含系統一般運行時要改變的數據。通常這些數據所在的目錄的大小是要經常變化或擴充的。原來/ v a r目錄中有些內容是在/ u s r中的，但爲了保持/ u s r目錄的相對穩定，就把那些需要經常改變的目錄放到/ v a r中了。每個系統是特定的，即不通過網絡與其他計算機共享。
下面列出一些重要的目錄(一些不太重要的目錄省略了)。
/var/catman 包括了格式化過的幫助(man)頁。幫助頁的源文件一般存在/usr/man/man中；有些man頁可能有預格式化的版本，存在/usr/man/cat中。而其他的man頁在第一次看時都需要格式化，格式化完的版本存在/var/man 中，這樣其他人再看相同的頁時就無須等待格式化了。
(/var/catman 經常被清除，就像清除臨時目錄一樣。)
/var/lib 存放系統正常運行時要改變的文件。
/var/local 存放/usr/local 中安裝的程序的可變數據(即系統管理員安裝的程序)。注意，如果必要，即使本地安裝的程序也會使用其他/var 目錄，例如/var/lock 。
/var/lock 鎖定文件。許多程序遵循在/var/lock 中產生一個鎖定文件的約定，以用來支持他們正在使用某個特定的設備或文件。其他程序注意到這個鎖定文件時，就不會再使用這個設備或文件。
/var/log 各種程序的日誌(Log)文件，尤其是login (/var/log/wtmp log紀錄所有到系統的登錄和註銷) 和syslog (/var/log/messages 紀錄存儲所有核心和系統程序信息)。/var/log 裏的文件經常不確定地增長，應該定期清除。
/var/run 保存在下一次系統引導前有效的關於系統的信息文件。例如， /var/run/utmp 包含當前登錄的用戶的信息。
/var/spool 放置“假脫機(spool)”程序的目錄，如mail、news、打印隊列和其他隊列工作的目錄。每個不同的spool在/var/spool 下有自己的子目錄，例如，用戶的郵箱就存放在/var/spool/mail 中。
/var/tmp 比/tmp 允許更大的或需要存在較長時間的臨時文件。注意系統管理員可能不允許/var/tmp 有很舊的文件。
/proc 文件系統是一個僞的文件系統，就是說它是一個實際上不存在的目錄，因而這是一個非常特殊的目錄。它並不存在於某個磁盤上，而是由核心在內存中產生。這個目錄用於提供關於系統的信息。下面說明一些最重要的文件和目錄(/proc 文件系統在proc man頁中有更詳細的說明)。
/proc/X 關於進程X的信息目錄，這一X是這一進程的標識號。每個進程在/proc 下有一個名爲自己進程號的目錄。
/proc/cpuinfo 存放處理器(CPU)的信息，如CPU的類型、製造商、型號和性能等。
/proc/devices 當前運行的核心配置的設備驅動的列表。
/proc/dma 顯示當前使用的D M A通道。
/proc/filesystems 核心配置的文件系統信息。
/proc/interrupts 顯示被佔用的中斷信息和佔用者的信息，以及被佔用的數量。
/proc/ioports 當前使用的I / O端口。
/proc/kcore 系統物理內存映像。與物理內存大小完全一樣，然而實際上沒有佔用這麼多內存；它僅僅是在程序訪問它時才被創建。(注意：除非你把它拷貝到什麼地方，否則/proc 下沒有任何東西佔用任何磁盤空間。)
/proc/kmsg 核心輸出的消息。也會被送到syslog。
/proc/ksyms 核心符號表。
/proc/loadavg 系統“平均負載”； 3個沒有意義的指示器指出系統當前的工作量。
/proc/meminfo 各種存儲器使用信息，包括物理內存和交換分區(swap)。
/proc/modules 存放當前加載了哪些核心模塊信息。
/proc/net 網絡協議狀態信息。
/proc/self 存放到查看/proc 的程序的進程目錄的符號連接。當2個進程查看/proc 時，這將會是不同的連接。這主要便於程序得到它自己的進程目錄。
/proc/stat 系統的不同狀態，例如，系統啓動後頁面發生錯誤的次數。
/proc/uptime 系統啓動的時間長度。
/proc/version 核心版本。