美國政府發起的癌症和腫瘤基因圖譜（Cancer Genome Atlas，TCGA）計劃，試圖通過應用基因組分析技術，特別是採用大規模的基因組測序，將人類全部癌症（近期目標爲50種包括亞型在內的腫瘤）的基因組變異圖譜繪製出來，並進行系統分析，旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小變異，瞭解癌細胞發生、發展的機制，在此基礎上取得新的診斷和治療方法，最後可以勾畫出整個新型“預防癌症的策略”。TCGA 使命:提高人們對癌症發病分子基礎的科學認識及提高我們診斷、治療和預防癌症的能力TCGA 目標:完成一套完整的與所有癌症基因組改變相關的“圖譜”。
TCGA收錄的了很全面的癌症基因組數據，包括突變，拷貝數變異，mRNA表達，miRNA表達，甲基化數據等
這些數據可分爲三個級別：
- level-1: 原始的測序數據（fasta,fastq等）
- level-2:比對好的bam文件
- level-3:爲經過處理及標準化的數據
（其中level1和level2爲controlled-access，level1和level2 是原始數據，文件較大且數據粗糙不利於進一步分析，level-3有部分是controlled-access，數據類型爲controlled-access的數據需要向TCGA申請使用權限，數據類型爲open-access的可以直接下載利用）
若要下載需要使用官方提供的小工具：GDC Data Transfer Tool。
常用下載方式
- （1）官方下載方式
TCGA官網的data-portal: portal.gdc.cancer.gov
優點：數據最全，更新最快
缺點：下載速度慢，不利於進一步分析。
- （2）Firehose網頁下載方式
Firehose服務器：gdac.broadinstitute.org
優點：這裏的數據經過了簡單的合併，將每種癌症相同類型的數據合併到了一個文件中，下載方式最簡單且可以直接下一步分析
缺點：臨牀隨訪數據幾乎沒有更新。
- （3）使用R包的下載方式
R包包括TCGA-ASSEMBLER 、TCGA2STAT、GDCRNATOOLS等。但是我最常用的是TCGAbiolinks包，因爲該包更新比較快，同時也是直接下載官網數據保證準確性，同時該包的使用者比較多，利於進一步分析和挖掘。
TCGAbiolinks是一個基於GDC提供的API訪問GDC中TCGA的數據，並可以通過調用gdc-client下載數據，還可以對下載的數據進行整合和分析的R軟件包。