Linux所有目錄都在根目錄下，用/表示。在訪問目錄是一般加上/指示相對於絕對路徑。登錄上之後即在家目錄下（~或/home/ct）
一、目錄結構
- /:根目錄，所有的目錄、文件、設備都在/之下，/就是Linux文件系統的組織者，也是最上級的領導者
- /bin：bin就是二進制的引文縮寫，在一般的系統當中，都可以在這個目錄下找到Linux常用的命令。系統所需要的那些命令位於此目錄。/usr/bin/usr/local/bin
- /etc (Editable Text Configuration): 這個目錄是最重要的目錄之一，存放了系統管理時要用到的各種配置文件和子目錄。
- /home：如果建立一個用戶，用戶名是“XX”，那麼在/home目錄下就有一個對應的/home/XX的路徑，用來存放用戶的主目錄
- /lib: lib是庫（library）的英文縮寫，主要用來存放系統動態連接共享庫。千萬不要對這個目錄進行操作，發生問題時系統將無法工作
- /mnt: 用於存放掛載儲存設備的掛載目錄，比如磁盤陣列、U盤等。
Linux基本命令： [ngs0@localhost ~]$ 命令[-選項] 參數1 參數2 ……
說明：命令永遠以可執行程序開始；[-選項]的方括號表示該項目是可選的，不需實際輸入；不同項之間以空格分隔，命令行以回車結束並即刻執行；Linux區分大小寫
二、常用命令
pwd #顯示當前工作目錄（print working directory）
cat #查看文件（concatenate files and print）,與<<END連用用於讀入大段數據。輸入cat <<END之後，回車，會看到終端出現一個大於號，大於號後面可以輸入內容，再回車，繼續輸入內容，直到我們輸入END (大寫的，與上面一致)，輸入過程結束，我們輸入的內容都顯示在了屏幕上
ls #顯示當前文件夾（list）
ls -l #列表顯示
ls –l dir #顯示目錄下dir下的文件
mkdir #新建文件夾 （make directory）
mkdir test #創建目錄
cd #切換工作目錄（change dir）
cd test #進入test目錄
cd ..#後退到上一級目錄，.代表上級目錄，..代表上一級目錄，../../表示上兩層目錄
cd ./test 等同於cd test
cp #拷貝文件，原文件移動到目標位置（copy）
cp test.sh.file_temp.txt #複製文件
cp test.sh test #複製文件到指定目錄
mv #移動或改名文件（move）
mv test.sh temp.sh #移動，不更改目錄則爲改名
rm #刪除文件（remove）
rm test/test.sh #刪除文件
rm –r test #刪除文件夾
Fastq文件操作
gunzip:解壓文件
head example.fq 顯示文件頭，查看錢6行可使用-n 6
tail example.fq 顯示文件尾
less –S example.fq 按頁查看文件，-S不換行，空格翻頁，q退出
獲取所有樣品名字
cut -f 1 metadata.txt
獲取所有樣品名字時跳過第一行
tail -n +2 metadata.txt | cut –f 1
sed替換文字內容
sed ‘s/original/new’文件A：文件A中的原始的替換成新的
例：metadata中Beijing寫錯了，需要替換爲Nanjing
sed ‘s/Beijing/Nanjign/’ metadata.txt
tr：字符替換工具
程序中幾個符號
=：一個等號表示賦值
==：表示判斷兩側的變量是否相等，如FNR==1，若相等返回True
!=：表示判斷兩側的變量是否不相等，若不等，返回False
+=：自加操作a+=1等同於a=a+1
%：取餘數
+,-,*,/：加減乘除
&&,||,!：邏輯與，邏輯或，邏輯非
()：一般用於函數中，傳遞參數
[]：一般用於索引列表或字典，取出列表中第幾位元素，或字典中某個key對應的value
{}：代碼塊，多行語句放在一起，屬於一個層級
“”,‘’：雙引號和單引號括起的是字符串，bash中雙引號中的變量可以解析，單引號不可以。同樣的引號不可以嵌套，如awk“{print“ehbio”}”是不對的，要寫成awk‘{print“ehbio”}’或awk“{print‘ehbio’}”
/t:代表TAB鍵
*：代表任意字符
|：管道符，傳遞數據，上一條命令的輸出作爲下一條命令的輸入
`>`是一個重定向符號，即把前面命令的輸出寫入到`>`後面的文件中
-：表示標準輸入，一般用於1個程序需要多個輸入的時候
<：標準輸入，後面可以跟可以產生輸出的命令，一般用於1個程序需要多個輸入的時候
# cat命令之前也用過，輸出一段文字
# diff是比較2個文件的差異的，需要2個參數
# - (短橫線)表示上一個命令的輸出，傳遞給diff
# < 表示其後的命令的輸出，也重定向給diff
快捷鍵：
Tab鍵：自動補全或提示相關結果
Ctrl+C：中止命令
Ctrl+A：回到命令的行首，用於修改命令或註釋掉命令
!!:表示上一條命令
which:表示查看命令的路徑
注意：命令跟參數之間要有空格