SPM12入門案例2

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Face fMRI data

要求實驗者通過按鍵來判斷知名度。因此這裏有4種興趣的類型；第一二步顯示出有知名度和沒有知名度的人臉，代表着N1,N2,F1和F2。

###準備工作

1. 通過EPI獲得圖像，其中回覆時間TE=40ms，重複時間TR=2s，24個下降的切片，3mm厚和1.5mm間距。
2. 數據獲取：Face Repetition dataset
3. 創建face_rep的文件夾用來存放分析的結果，創建4個子文件夾jobs存,categorical,parametric,bayesian。

除了分類和貝葉斯的區別，我們還將展示如何從參數和分類的角度分析這些數據。具體基礎詳見上節

Spatial pre-processing

Display

點擊Display顯示圖片，注意眶額部(orbitofrontal)和顳下部的缺失和重影。點擊Brighten能夠更清晰的看到圖片

Realignment

1. 在SPM基本窗口的空間預處理部分中，從REALIGN的下拉菜單中選擇**Realign (Est & Res) **。
2. 選擇data,然後點擊New Session創建新的Session，在數據集test_face_rep下的RawEPI中選擇351個圖片。
3. 保存批處理命名爲realign.mat，點擊Run運行，在源文件夾下產生functional image並且以r爲前綴命名，然後SPM將估算的繪製出translation和rotation的時間序列圖。重新分配的參數的數據將被存儲於類似rp_sM03953_0005_0006.txt，當擬合廣義線性模式時(GLMs)這些變量可以作爲迴歸量(regressors)。在尋找大腦活動時，運動產生的影響能夠被忽略。
   
4. 在spatial processing - coregistration中，SPM將產生mean image。

Slice timing correction

點擊Slice Timing按鈕，彈出批處理窗口。這些數據由TR=2s並且N=24個連續採集的軸向切片按照遞減的序列組成，並且按照逆序的序列獲得。
注意:TA=(TR-TR/N)

1. 點擊Data然後選擇New Session，過濾並且選擇**^r.***的文件總共351個文件
2. Number of Slices輸入24，表示連續採集的軸向切片
3. TR=2,TA=(2-2/24)
4. Slice order輸入24👎1,Reference Slice輸入12
5. 保存爲slice_timing.mat點擊運行，產生默認前綴是a的slice-time校準的文件。在RawEPI文件夾下形成

Coregistration

1. 在Coregister的下拉菜單中選擇COREGISTER(ESTIMATE)。
2. Reference Image選擇RawEPI文件夾下的meansM03953_0005_0006.img，Source Image中選擇結構圖像在Structural的sM03953_0007.img
3. 保存爲coreg.job然後點擊Run按鈕
   然後SPM將實現結構數據與功能數據之間的配準，即最大化實現共同的信息。
   
   左側爲Reference Image右側爲Source Image

Segmentation

1. 點擊SEGMENT按鈕，點擊Volumes，選擇Structral中的配準後的實驗者解剖圖像sM03953_0007.img。
2. 將Save Bias Corrected中的Save Nothing修改爲Save Bias Corrected，在最下面的**“Deformation Fields中的值由Nothing修改爲Forward**。
3. 保存爲segment.mat，點擊運行按鈕。SPM將使用默認的組織概率圖作爲先驗對結構圖像進行分割。
4. SPM將產生灰質、白質的圖像和偏磁場校正的結構圖像。通過使用Check Reg工具能夠顯示這些圖片。選擇Structural中c1sM03953_0007.nii的灰質圖像如下圖所示。