Mac 科研常用軟件

轉自http://bbs.feng.com/read-htm-tid-7698336.html

我的 Mac 是 2012 年的 Pro Retina,現在主要用的是 Mac 系統,Windows 已經不常上了

經常用的軟件有以下幾個:





1. 科學繪圖軟件:SciDAVis 和 Plot
目前這兩個軟件更新頻率很快,SciDAVis 已經到 1D8 版了,就是 Mac 上的 Origin;Plot 更新到了 2.0R12 版,使用命令更復雜,但可實現的效果也更多,現在也支持 Mavericks 和 64 位,只是去掉了曲線擬合模塊,比較遺憾。有同學可能會問,既然有 iGor Pro、QtiPlot 和其他多種畫圖軟件,爲什麼還要用 SciDAVis。因爲有的期刊可能要求你提供畫圖軟件的版本信息,一旦使用盜版可能會被拒稿;另外,一些商業畫圖軟件公司也會在軟件中設置後門,你如果用的是破解版,他們可能會找上門來,或者通知期刊社要求撤銷你的稿件。盜版在國內抓得不嚴,但是在國外非常嚴格。再者,SciDAVis 這個軟件開源免費,而且容易上手,功能強大,使用它何樂而不爲。
SciDAVis 下載地址:scidavis.1.D8.pkg  鏡像下載地址:http://pan.baidu.com/s/1eQxqEOi
Plot MAC 下載地址:App Store 搜索 Plot 2
對 SciDAVis 的介紹:Mac 科研軟件漫談2:SciDAVis,科學畫圖軟件,Mac 上的 Origin
具備類似功能的商業軟件:Igor Pro、QtiPlot、Pro Fit、Prism 等
使用 SciDAVis/Plot 可節省:約 400 元







2. 文獻參考軟件:Sente
Sente 確實很好用,而且現在有免費版,每個數據庫參考文獻不大於 100 個。Sente 可以用 DOI,也可以採用 Google Scholar 搜索等來導入文獻信息,對中文文獻導入支持也很好,也支持 Elsevier、Springer、Wiley 以及 Web of Science 的網頁在線導入,但 WOS 的內置搜索功能仍然不能使用。相比 Mendeley,Sente 支持自定義參考文獻格式。
更多的介紹請看這裏:Mac 科研軟件漫談1:Sente,文獻編輯和管理軟件
比較下來,Zotero 比 Sente 更好用





3. 文獻參考軟件:Zotero
再加一個文獻管理軟件,感覺比 EndNote 和 Sente 更好用,就是 Zotero 的 Mac 桌面版。Zotero 的大名想必大家都不會陌生,介紹可以見這裏:
http://www.yangzhiping.com/tech/zotero1.html
這是中文版,經過測試,Zotero 對元數據(Meta Data)的抓取比 Mendeley 要好一些,對網頁數據的支持也比 Mendeley 更多。內置 6000 多個期刊或者數據庫的參考文獻樣式,應該基本可以滿足大家的需求了
Sente 下載地址:Sente 6 for Mac (zip file)
Zotero 下載地址:https://www.zotero.org/download/
有部分網友反應網址打不開,鏡像地址:http://pan.baidu.com/s/1B8HX0
更新視頻介紹地址:Mac 科研軟件漫談 3: Zotero,一款比肩 EndNote 的文獻參考軟件
具備類似功能的商業軟件:EndNote、Sente、BookEnds
使用 Zotero 可節省:300 元
Zotero 下載地址:http://pan.baidu.com/s/1sjCFpmP






4. 畫圖軟件:Keynote 和 AutoCAD
用 Keynote 來畫示意圖,要求精密度高的或者 3D 圖形就用 AutoCAD 來畫,非常方便。現在 AutoCAD 有 2014 版本,支持 Retina 顯示屏,且能夠使用 3D 命令來畫三維圖形;AutoCAD 更新至 2015 版本
Keynote 下載地址:App Store
AutoCAD 下載地址:官網上有,學生和教育工作者可以申請三年試用版。
使用 AutoCAD 教育版可節省:20000 元







5. 計算和編程軟件 Fortran
目前使用 FORTRAN MAC:http://bbs.feng.com/read-htm-tid-7820600.html. 總結了一些心得。
具備類似功能的商業軟件:Intel Fortran
使用 Gfortran 可節省:400 元









6. Matlab 的替代品:Octave
命令形式和 Matlab 完全兼容,Matlab 的 .m 文件可以在 Octave 運行,而且運算速度比 Matlab 快。下載地址:
http://sourceforge.net/projects/ ... 8.2-for-OSX-10.9.5/
對中文的支持比 Matlab 更好
具備類似功能的商業軟件:Matlab
使用 Octave 可節省:3000 元






7. Mathematica 的替代品:wxMaxima
要 Maxima 才能運行。wxMaxima 是 Maxima 的 GUI,可以做符號運算的。感謝作者 andrejv 上傳支持 retina 的版本,下載地址:
http://andrejv.github.io/wxmaxima/download.html
具備類似功能的商業軟件:Mathematica
使用 wxMaxima 可節省:3000 元


2014.02.20 更新現在 SciDAVIS 已經更新了,最新版本爲 1.D5,初步測試,在 Mac 下解決了加載大量數據反映緩慢、打開文件窗口中文顯示傾斜的問題。下載地址:

http://sourceforge.net/projects/ ... s.1.D5.pkg/download

對於在 Windows 上經常用 Origin 的同學來說,這個 SciDAVIS 實在是太熟悉了,因爲它基本就是 Origin 的翻版。

解決在 Excel 中拷貝數據到 SciDAVIS 中,行列改變問題:用 Numbers 打開 Excel 文件,拷貝數據後再粘貼到 SciDAVIS 中。如果是 TXT 文件,則使用 LineBreak。下載地址:https://code.google.com/p/linebreak/. 下載後,把 Mac 下 TXT 文件的換行模式轉換爲 UNIX 或者 DOS 的換行模式,就可以了。

2014.03.24 更新:Plot Mac 現在出了 2.0 版,下載地址:http://plot.micw.eu/. 國內似乎訪問不了,要用 ***。新版 Plot 支持 Mavericks 和原生 64 位,運行速度更快,使用命令基本保持不變,唯一遺憾的是去掉了曲線擬合模塊。

2014.07.05 更新:在 SciDAVis 中如何設置具有出版物質量的圖像輸出——
1. 在 SciDAVis 中畫好圖像後,選擇 File 然後 Export Graph 選擇 SVG 格式;
2. 在 Safari 中打開 SVG 格式的圖片,然後在文件中選擇導出爲 PDF...,或者選擇打印...→PDF→存儲爲 PDF;
3. 這個時候導出的 PDF 再用預覽打開,裁剪邊框,大功告成!
採用這種方法是導出質量最佳的圖片,因爲導出的是矢量圖形,所以放大多少倍仍然非常清晰,適合出版物用。

2014.07.28 更新:SciDAVis 更新至 1D8 版,下載地址:
scidavis.1.D8.pkg
目前圖片輸出的問題暫時沒有得到解決,用我上面推薦的方法可以得到矢量圖片,具備出版物質量。和 SciDAVis 的開發者溝通後,他們同意在近期解決這個問題。

2014.10.25 更新:AutoCAD 更新至 2015 版,在美國官網上可以找到下載地址,學生和教育工作者可以得到三年免費試用;
更新 Matlab 的自由開源替代品:Octave,現已經更新到 3.8.2,具備了 GUI,運算速度比 Matlab 快,而且命令與 Matlab 完全兼容;
更新 Mathematica 的自由開源替代品:wxMaxima,就是做符號運算的(Octave 也有一個符號運算的工具包:Octsympy,需要 Sympy 運行,類似於 Matlab 上的 Symbolic Toolbox,目前版本爲 Octsympy-0.1.1)。如果我早點找到這個軟件,大學學微積分的時候就可以用這個來驗算結果是否正確了。



2015.02.15 更新:更新 SciDAVis 和 Sente 的視頻簡介,另外增加文獻管理軟件 Zotero 的介紹
2015.02.17 更新:如果覺得 Word Mac 裏面的圖片在 Retina 顯示屏上不清晰,請保存爲 Doc 而非 Docx 格式,這樣就很清楚了
2015.03.16 更新:更新 Zotero 的鏡像下載地址,http://pan.baidu.com/s/1B8HX0,另外 Octave 的符號運算箱可通過輸入命令:pkg install symbolic 得到
2015.05.22 更新:Zotero 的官網現在可以登錄了,Zotero 實在太好用了,居然還支持 CNKI 和萬方等國內數據庫,參考文獻樣式也包括中文參考文獻標準樣式,做科研的同學不可不用!地址:https://www.zotero.org   注意:安裝 Zotero Mac 獨立版本後,還要安裝 Safari 的擴展軟件,即可網頁抓取元數據;或者用 Zotero 的做的 bookmark 標籤也可以。Zotero 目前只支持 Word 2011,2016 預覽版目前暫時還不支持

2015.05.25 更新 Zotero Mac 桌面版的使用視頻 地址:http://bbs.feng.com/forum.php?mo ... page=1#pid146396300    SciDAVis 鏡像下載地址:http://pan.baidu.com/s/1eQxqEOi

2015.07.07 更新 wxMaxima 更新至 15.0.4 版本,支持 Retina。這個 wxMaxima 是做符號運算的,是 Mathematica 的替代品。下載地址:http://andrejv.github.io/wxmaxima/download.html

2015.07.15 更新 Zotero Mac 單獨版更新至 4.0.27.6 版本,已經支持 Office 2016,能夠在 Word 2016 內的 Ribbon 內加載項。Zotero 下載地址:https://www.zotero.org。另外,如果要編輯參考文獻格式,可以登錄這個網站:http://editor.citationstyles.org/about/,尋找相近的參考文獻格式後,即可進行自定義編輯。

2015.08.01 更新 不用 MathType,可以達到插入公式自動居中、公式右邊自動編號的效果,並且支持交叉引用,不需要插入書籤了。地址請看:
http://bbs.feng.com/read-htm-tid-9698249.html
具備類似功能的商業軟件:MathType
使用此方法可節省:300 元



自動圖文集要保存到 Normal.dotm 模板裏面,才能夠實現輸入前四個字符得到自動圖文的效果,另外也可設置快捷鍵。


如果好用請加分!

2015.10.3 更新 以上推薦的軟件比商業軟件要更勝一籌,而且在給您提供同樣生產力的同時,可爲您節省至少 30000 元的投入。


2015.11.18 更新 更新 Zotero 的鏡像下載地址:http://pan.baidu.com/s/1sjCFpmP
2015.11.23 更新 教你們如何把題錄從 EndNote 批量導出到 Zotero:全選 EndNote 的題錄,導出爲 RIS 格式,然後再用 Zotero 導入就可以了。注意 Zotero 是支持 Word 2016 的
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