一、实验目标
学会使用一个信息检索系统完成给定的信息检索任务，包括创建索引、选择检索模型并设置参数、评价检索结果等等。
二、实验描述
使用一个信息检索系统，例如Galago、Elastic Search、Terrier、Anserini等，完成TREC 2018 Precision Medicine Track的检索任务，要求至少给出10组不同参数配置或检索方案的结果，并给出每组检索结果的各评价指标的得分，进行分析比较。
三、实验环境
开发环境：Mac OS 10.15.1
软件版本：Java JRE 1.8.0、Python 3.7、Terrier5.0
四、实验过程
4.1 配置Java环境
在oracle官网下载jdk，按提示安装直到安装完成。
Java安装完成后在终端输入java或者java -version查看相关信息，接着在输入echo $JAVA_HOME，此命令将输出Java安装的路径。如果输出为空白，则需要修改zshrc文件，添加exportJAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home)保存退出即可。
4.2 安装Terrier
在进行具体的实验操作之前，本小组调研了多个信息检索的开源工具，包括 Lucene、Elasticsearch和Terrier。相比之下，Terrier 更适合用于完成本次任务，其专门为 TREC 比赛定制了接口，而且 Lucene 的评分函数比较简单，适合于工程开发，而 Terrier 对语言模型做了很多优化，更适合科研类任务。根据以往经验，用 terrier 实现要比用 Lucene 实现效果普遍更好。
可以从官网上或者 Github 下载 terrier-project-5.0-bin.tar.gz，下载完后解压即可。解压完成后目录如下图所示：
其中，
bin: 存放运行脚本，在 linux 系统下用.sh，在 windows 下用相应的.bat
doc：帮助说明文档集
etc: 存放建立索引和检索时的配置文件，如 collection.spec, terrier.properties
var: 检索结果的存放位置，存放 index， result，可以通过修改 etc 文件夹下的
terrier.properties 配置文件，定位到其他文件夹
share：存放 stopword-list.txt 等文件
src: 搜索引擎源代码
4.3 数据预处理
在利用 Terrier 进行检索实验之前，首先对给定数据集进行预处理，既是为了满足Terrier 的数据格式要求，也是为了提升查询检索的效果。
4.3.1 处理科学文摘的数据
原始数据集是从Terrier官网下载的xml类型数据，每个数据中包含多个文献，并且有很多对查询影响较低的信息，所以将原数据中的文章编号、文章题目和文章摘要提取出来，生成新的检索数据，处理后的数据格式如下：
4.3.2 处理临床试验的数据
原始数据集是从Terrier官网下载的xml类型数据，每个数据中标签很多，包含很多不必要的信息，所以对其中有价值的标签进行提取。提取的标签主要有索引要求中涉及的，例如brief_title、official_title、brief_summary、detailed_description、MeSH Terms 和 criteria 等，以及查询文件中涉及的标签，例如minimum_age、maximum_age、gender。以 NCT00000102为例，处理后的格式如下：
4.3.3 格式化查询题目
评测的查询输入是半结构化文本，描述了患者的癌症类型、相关的基因变异、年龄性别以及其他可能相关的因素，文件格式如下。需要说明的是，原始查询文件的根标签是 topic和 number，改成 TOP 和 NUM 之后，便于之后处理。
4.4 收集数据文档并建立索引
4.4.1 收集数据文档
收集需要建索引的数据并设置数据的路径。收集完成后，将会在terrier的etc 目录下创建一个collection.spec 文件，文件中包含将要建立索引的数据信息。执行命令格式如下：
bin/trec_setup.sh <absolute-path-to-collection-files>
即在bin/trec_setup.sh命令后输入需要建立索引数据所在的绝对路径。
4.4.2 建立索引
数据收集完成之后即可建立索引，命令格式如下：
bin/terrier batchindexing
创建完成之后，将会在Terrier中var目录下的index中生成索引文件。通过下面的命令可以查看建立索引的信息：
bin/terrier indexstats
以建立科学文摘数据的索引为例，结果如下图所示：
4.5 查询检索
检索命令含有多个参数，可以在etc/terrier.properties文件里预先设好，也可以一个一个在命令行里指定。
基本命令为
bin/terrier batchretrieve
首先要设置查询的位置 通过“trec.topics”属性或者“-t”来指定查询位置，建议使用绝对路径。
其次要设置查询所使用的模型，通过“trec.model”属性或者“-w”来指定查询模型，包括BB2，BM25，LGD等等。Terrier默认的检索模型是DPH。
设置检索模型之后可以通过“-c”等参数设置模型参数（有些模型没有参数）。
以用BB2模型检索科学文摘为例，命令如下图所示：
检索完成之后，将在var目录下的results文件夹中生成.res文件，格式如下图所示：
4.6 相关反馈
加入伪相关反馈，其命令如下图。相较于上一步的检索命令，增加了 -q 和-Dqe.feedback.filename 参数，用于指定用哪一个模型的检索结果作为反馈的输入。下图中是以IFB2模型的结果作为反馈输入。
本组利用 Terrier 开源工具中已经实现的 Bo1、Bo2、KL 等伪相关反馈模型进行实验。可以在配置文件terrier.properties 中添加相关的配置项，或者是在每一行命令下添加上述参数。
4.7 结果评估
以评估科学文摘的检索结果为例，利用给定的数据qrels-treceval-abstracts.2018.txt，对结果进行评估，命令如下图所示：
该命令执行后会生成一个模型对应的 eval 文件。该文件中包含了 MAP、Bpref、Recall、P_5、P_10 等度量指标值，下图是 BB2.eval 文件内容。
五、实验结果
5.1 模型选择
Terrier 开源工具中集成了许多信息检索模型，可以直接进行接口调用。实验过程中，本小组选择了 13 种模型进行测试，下表展示了不同模型的测试指标值。没有添加相关反馈的情况下，MAP 的最优结果为 0.2050，由IFB2 模型得到；P@5 的最优结果为 0.5640，由 In_expB2和IFB2 模型得到；P@10 的最优结果为 0.5140，由In_expB2 模型得到。经过实验分析，发现各个模型参数的变动对最终结果影响较小，所以在实验中大多数模型使用了默认参数。
|
Model |
MAP |
P@5 |
P@10 |
|
BM25 |
0.1453 |
0.4800 |
0.4560 |
|
BB2 |
0.2024 |
0.5520 |
0.5100 |
|
DLH13 |
0.0764 |
0.2760 |
0.2640 |
|
In_expB2 |
0.2040 |
0.5640 |
0.5140 |
|
DPH |
0.0846 |
0.3120 |
0.3260 |
|
Hiemstra_LM |
0.1076 |
0.3320 |
0.3040 |
|
IFB2 |
0.2050 |
0.5640 |
0.5100 |
|
LGD |
0.0745 |
0.2480 |
0.2360 |
|
InL2 |
0.1405 |
0.4200 |
0.3940 |
|
PL2 |
0.1228 |
0.3540 |
0.3440 |
|
TF_IDF |
0.1402 |
0.4400 |
0.4020 |
|
LemurTF_IDF |
0.2030 |
0.5520 |
0.4800 |
|
DFR_BM25 |
0.1477 |
0.4560 |
0.4060 |
5.2 相关反馈
选出 4 个结果较好的模型添加相关反馈进行下一步测试，分别是In_expB2、BB2、LemurTF_IDF和 IFB2，也使用了一些初始结果较差的模型进行相关反馈实验。由于组合较多，下表只展示部分结果。
|
Model |
MAP |
P@5 |
P@10 |
|
IFB2+BB2 |
0.2134 |
0.5680 |
0.5280 |
|
BB2+IFB2 |
0.2116 |
0.5680 |
0.5260 |
|
In_expB2+BB2 |
0.2129 |
0.5680 |
0.5280 |
|
LemurTF+In_expB2 |
0.1934 |
0.5320 |
0.4800 |
在使用伪相关反馈的情况下，MAP 的最优结果为 0.2134，由 IFB2+BB2 模型得到，相较于未添加相关反馈的结果提升了4%；P@5 的最优结果为 0.5680，P@10的最优结果为0.5280，均无明显提升。
经过实验分析，发现利用BB2的查询结果作为反馈，再利用IFB2模型进行查询检索，得出的效果最优。
六、实验基本原理
6.1 评价指标
（1）召回率(Recall): RR/(RR + NR)，返回的相关结果数占实际相关结果总数的比率，也称为查全率，R∈[0,1]。
（2） 正确率(Precision): RR/(RR + RN)，返回的结果中真正相关结果的比率，也称为查准率， P∈ [0,1]。
（3）Bpref：基本的思想：在相关性判断(Relevance Judgment) 不完全的情况下，计算在进行了相关性判断的文档集合中，在判断到相关文档前，需要判断的不相关文档的篇数。
（4）NDCG：每个文档不仅仅只有相关和不相关两种情况，而是有相关度级别，比如0,1,2,3。我们可以假设，对于返回结果，相关度级别越高的结果越多越好，相关度级别越高的结果越靠前越好。
（5）MAP：平均正确率(Average Precision, AP)：对不同召回率点上的正确率进行平均。
（6）P@K：计算前 K 个位置的平均正确率。
6.2 模型介绍
（1）BB2（DFR）：用于随机性的Bose-Einstein模型，用于首次归一化的两个伯努利过程的比率，用于术语频率归一化的归一化2。
（2）BM25：BM25概率模型。。
（3）DLH（DFR）：DLH超几何DFR模型（无参数）。
（4）DLH13（DFR）：DLH的改进版本（无参数）。
（5）DPH（DFR）：使用Popper的归一化（无参数）的另一种超几何DFR模型。
（6）Hiemstra_LM：Hiemstra的语言模型。
（7）IFB2（DFR）：用于随机性的逆项频率模型，用于首次归一化的两个伯努利过程的比率，用于项频率归一化的归一化2。
（8）In_expB2（DFR）：用于随机性的反向期望文档频率模型，用于首次归一化的两个伯努利过程的比率，用于术语频率归一化的归一化2。
（9）InL2（DFR）：用于随机性的逆文档频率模型，用于第一归一化的拉普拉斯继承，以及用于术语频率归一化的归一化2。
（10）LemurTF_IDF：Lemur的tf * idf加权功能版本。
（11）LGD（DFR）：对数逻辑DFR模型。
（12）PL2（DFR）：用于随机性的Poisson估计，用于第一次归一化的Laplace继承和用于项频率归一化的归一化2。
（13）TF_IDF：tf * idf加权函数，其中tf由罗伯逊的tf给出，idf由标准Sparck Jones的idf给出。
参考：
