目前，腦成像數據主要有DTI、fmri、3D三種模態。這些數據在分析前都要進行格式轉換，不同公司的掃描儀存儲格式也不盡相同。腦成像處理軟件也很多，不同軟件使用的格式也不一樣，所以數據轉換是腦成像數據處理的第一步，必須非常清楚。這裏介紹MRIcron的dcm2nii轉換和MRIConvert轉換.
從掃描中心下載的原始數據是以dicom數據格式存在的壓縮文件，解壓後，得到原始文件。來自siemens的掃描儀的原始文件以“IMA”下爲後綴。對於功能像（fMRI）的數據，有多少個TR就有多少個IMA圖像文件，即每個IMA文件就是一個完整的volume；對於DTI數據，有n個方向，有m個b0像，就有n+m張IMA圖片，即n+m個完整的volume。當然有的DTI數據有的只有一個b0像，有的有6個b0像之多。對於3D結構像數據，如果掃描了128層，就會有128張IMA圖像，每張圖像就是一張slice，不是volume。
數據轉換後，主要有spm2之前使用的Analyze格式，以及fsl和spm5和spm8使用的NifTI_1格式。Analyze格式是成對的hdr和img文件表示一個3D的volume，而NifTI_1格式可以是3D也可以是4D的，同時可以是hdr和img成對文件，也可以是NifTI_1的nii一個文件。如下：Spm2使用3D Analyze hdr/img；spm5和spm8使用3D NifTI hdr/img.fsl使用NifTI_1的4D的nii格式。
目前數據轉換主要有MRIcron的dcm2nii轉換和MRIConvert轉換。
現在一一介紹一下：
在MRIcron的安裝目錄下，有一個dcm2nii.exe和dcm2niigui.exe，並且分別有：dcm2nii.nii和dcm2niigui.nii兩個配置文件。dcm2nii.exe是Dos的命令行操作，而dcm2niigui.exe是圖形界面。
點擊dcm2niigui.exe，就打開了界面。
首先在output format中選擇輸出格式：spm5（3D NifTI hdr/img）或者conpressed fsl（4D NifTI nii）格式。
然後在下拉菜單help中點擊reference，設置輸出文件的名字，確保把不同被試的數據區分開。另外一定勾上進行圖像的reorient。這個參數比較重要，確定MinReorientMatrix=255後，這個參數表示只對3D結構像進行reorient.DTI和fMRI數據本身不能進行reorient，這會破壞DTI和fMRI數據的圖像信息。DTI和fMRI數據的緯度都小於255。3D結構像一般是256×256 matrix，fMRI 是64x64matrix 和DTI是128x128matrix。另外一個參數Recursive Folder Search Depth意思是遞歸轉換文件夾下幾級的文件夾中的數據。如“5”則表示當前文件夾下的5級文件夾的數據也要一起轉換。這個可以根據你自己存放數據的結構填寫。
然後從下拉菜單file中選擇DICOM to NifTI,瀏覽到原始數據所在文件夾，然後點擊確定，就開始進行數據轉換了。dcm2nii轉換完後，3D結構像生成原文件、o開頭、co開頭的文件。其中o開頭的文件主要是進行了reorient的，而co是經過切割了neck的。一般用於空間normalize都選用co開頭的文件。Fmri的文件數是TR number乘以2,而DTI文件數則是（m+n）*2.
關於MRIconvert轉換，從網站直接下載後解壓，就可以用了。直接點擊MRIconvert.exe,就打開了界面，非常友好。右側有6個按鈕，選擇原始數據或者原始數據所在文件夾和數據輸出目錄，options中可以對輸出文件名字進行設置，還可以重新命名。中間下拉菜單選擇輸出格式，spm5和spm8選擇NIFTI，一目瞭然。然後點擊右下角的convert all,就搞定了。MRIconvert轉換不對3D圖像進行reorient，所以沒有o開頭和co開頭的文件。後續處理還需要對方向進行轉換。
另外有人說dcm2nii對DTI數據的轉換好像有一些問題，所以建議用MRIconvert對DTI數據進行轉換。
MRIconvert和MRIcron的下載鏈接如下：