超濾膜分離裝置在長時間運行過程中，最常見的問題就是UF超濾膜組件被堵塞或污染，從而導致產水量下降，甚至導致膜組件報廢，無法再使用。因此，定期對超濾膜組件進行清洗非常重要，而其清洗過程中選擇何種化學藥劑也非常關鍵。清洗對於延長膜使用時間及恢復膜性能等方面具有重要作用。當膜出現產水量或者產水水質顯著下降時，就要對UF超濾膜組件進行清洗。
當UF超濾膜組件污染程度較爲嚴重時，採用一般物理方法難以恢復，就需要利用藥劑進行清洗。化學清洗從本質上來說是指沉澱物與清洗劑之間發生了多相反應。通常化學清洗分爲六個環節。
第一，進行化學清洗前要先進行機械清洗。
第二，清洗劑逐漸擴散，直至污垢表面。
第三，清洗劑滲透進污垢層內部。
第四，清洗反應，包括物化過程和化學過程。化學清洗過程中會產生一些可溶解物質，這些物質也能起到一定分散污垢的作用，同時反應產物能降低污垢與膜表面之間附着力。
第五，清洗中的反應產物開始轉向內表面。
第六，生成產物逐漸轉移到內表面。
對於UF超濾膜組件來說，化學清洗對其性能的恢復起到非常重要的作用。清洗時要嚴格按照說明進行，避免因操作不當對膜造成難以恢復的損傷。