超滤膜分离装置在长时间运行过程中，最常见的问题就是UF超滤膜组件被堵塞或污染，从而导致产水量下降，甚至导致膜组件报废，无法再使用。因此，定期对超滤膜组件进行清洗非常重要，而其清洗过程中选择何种化学药剂也非常关键。清洗对于延长膜使用时间及恢复膜性能等方面具有重要作用。当膜出现产水量或者产水水质显著下降时，就要对UF超滤膜组件进行清洗。
当UF超滤膜组件污染程度较为严重时，采用一般物理方法难以恢复，就需要利用药剂进行清洗。化学清洗从本质上来说是指沉淀物与清洗剂之间发生了多相反应。通常化学清洗分为六个环节。
第一，进行化学清洗前要先进行机械清洗。
第二，清洗剂逐渐扩散，直至污垢表面。
第三，清洗剂渗透进污垢层内部。
第四，清洗反应，包括物化过程和化学过程。化学清洗过程中会产生一些可溶解物质，这些物质也能起到一定分散污垢的作用，同时反应产物能降低污垢与膜表面之间附着力。
第五，清洗中的反应产物开始转向内表面。
第六，生成产物逐渐转移到内表面。
对于UF超滤膜组件来说，化学清洗对其性能的恢复起到非常重要的作用。清洗时要严格按照说明进行，避免因操作不当对膜造成难以恢复的损伤。