生信 | GeneMark

（參考）

基因預測原理：宏基因組分析——基因預測篇

      宏基因組基因預測一般包括同源預測和從頭預測。同源預測是通過與基因的同源序列比對，從而獲得與已知基因序列最大匹配，其預測依賴於已知的基因信息，且不能註釋出在數據庫中缺少功能相似性序列的基因和新基因，計算資源消耗過大，時間花費過長。而從頭預測是根據給定的序列特徵來預測，主要依賴於在編碼區和非編碼區擁有不同特徵的信息，並在統計學上進行描述，構建概率模型，用以區別編碼與非編碼區。

GeneMark使用教程： GeneMark使用教程 

GeneMark軟件包是專爲原核基因組和病毒基因組以及元基因組分析而設計的，可以預測基因，以及蛋白質編碼區閱讀框的位移。

makemat或GeneMarkS程序生成相應的GeneMark模型，GeneMark和GeneMark.hmm 進行基因預測。

下載

GeneMark：http://topaz.gatech.edu/GeneMark/

簡要使用

gmhmmp $SampleOutputDirASS/$sample.contigs.fa -f G -A $sample.contigs.prot.fa -D $sample.contigs.nucl.fa -m MetaGeneMark_v1.mod -o $sample.gff

              說明:

                            軟件： gmhnmmp

                            參數：    基本默認

                                          -f ：指定輸出的爲gff格式

                                          -A ：輸出核酸序列

                                          -D ：輸出蛋白序列

                                          -m ：宏基因組的模型（下載）

                            輸出結果：   預測到的核酸（nucl.fa）、蛋白質序列（prot.fa）、基因位置信息（gff）

問題：MetaGeneMark_v1.mod 更多模型下載？