日志文件
日志文件
①错误日志：错误日志记录了MyQL-Server运行过程中所有较为严重的警告和错误信息，以及MySQL-Server每次启动和关闭的详细信息。在默认情况下错误日志是关闭的，错误信息被输出到标准错误输出（stderr），如果要开启错误日志功能，需要在启动时开启-log-error选项。错误日志默认存放位置在数据目录下，以hostname.err 命名。但是可以使用命令：--log-error[=file_name]，修改其存放目录和文件名。
为了方便维护需要，有时候对错误日志中的内容做备份并重新开始记录，这时候就可以利用MySQL的FLUSH LOGS命令来告诉MySQL备份旧日志文件并生成新的日志文件。备份文件名以“.old”结尾。
②二进制日志：也就是我们常说的binlog。当我们通过“--log-bin[=file_name]”打开了记录的功能之后，MySQL会将所有修改数据库数据的query以二进制形式记录到日志文件中。这里面还包括每一条query所执行的时间、所消耗的资源、以及相关的事务信息，所以binlog是事务安全的。
binlog 记录功能需要“--log-bin[=file_name]”参数的显式指定才能开启，如果未指定file_name，则会在数据目录下记录为mysql-bin.******（*代表0～9 之间的某一个数字，来表示该日志的序号）。
binlog 还有其他一些附加选项参数：
“--max_binlog_size”设置binlog的最大存储上限，当日志达到该上限时，MySQL会重新创建一个日志开始继续记录。不过偶尔也有超出该设置的binlog 产生，一般都是因为在即将达到上限时，产生了一个较大的事务，为了保证事务安全，MySQL 不会将同一个事务分开记录到两个binlog 中。
“--binlog-do-db=db_name”参数明确告诉MySQL，需要对某个（db_name）数据库记录binlog，如果有了“--binlog-do-db=db_name”参数的显式指定，MySQL 会忽略针对其他数据库执行的query，而仅仅记录针对指定数据库执行的query。
“--binlog-ignore-db=db_name”与“--binlog-do-db=db_name”完全相反，它显式指定忽略某个（db_name）数据库的binlog 记录，当指定了这个参数之后，MySQL 会记录指定数据库以外所有的数据库的binlog。
注意：参数中的db_name不是指query语句更新的数据所在的数据库，而是执行query的时候当前所处的数据库。不论更新哪个数据库的数据，MySQL 仅仅比较当前连接所处的数据库（通过use db_name 切换后所在的数据库）与参数设置的数据库名，而不会分析query 语句所更新数据所在的数据库。
mysql-bin.index 文件（binary log index）的功能是记录所有Binary Log的绝对路径，保证MySQL各种线程能够顺利的根据它找到所有需要的Binary Log文件。
更新日志
更新日志是MySQL在较老的版本上使用的，其功能和binlog基本类似，只不过不是以二进制格式来记录而是以简单的文本格式记录内容。自从MySQL增加了binlog功能之后，就很少使用更新日志了。从版本5.0开始，MySQL已经不再支持更新日志了。
查询日志
查询日志记录MySQL中所有的query，通过“--log[=fina_name]”来打开该功能。由于记录了所有的query，包括所有的select，体积比较大，开启后对性能也有较大的影响，慎用该功能。一般只用于跟踪某些特殊的sql性能问题才会短暂打开该功能。默认的查询日志文件名为hostname.log。
慢查询日志
慢查询日志中记录的是执行时间较长的query，也就是我们常说的slow query，通过设--log-slow-queries[=file_name]来打开该功能并设置记录位置和文件名，默认文件名为hostname-slow.log，默认目录也是数据目录。
慢查询日志采用的是简单的文本格式，可以通过各种文本编辑器查看其中的内容。其中记录了语句执行的时刻、执行所消耗的时间、执行用户、连接主机等相关信息。MySQL 还提供了专门用来分析慢查询日志的工具程序mysqlslowdump，用来帮助数据库管理人员解决可能存在的性能问题。
Innodb的在线redo日志
Innodb是一个事务安全的存储引擎，其事务安全性主要就是通过在线redo日志和记录在表空间中的undo信息来保证的。redo日志中记录了Innodb所做的所有物理变更和事务信息，通过redo日志和undo信息，Innodb保证了在任何情况下的事务安全性。Innodb的redo日志同样默认存放在数据目录下，可以通过innodb_log_group_home_dir 来更改设置日志的存放位置，通过innodb_log_files_in_group 设置日志的数量。
数据文件
数据库文件
在MySQL 中每一个数据库都会在定义好（或者默认）的数据目录下存在一个以数据库名字命名的文件夹，用来存放该数据库中各种表数据文件。不同的MySQL 存储引擎有各自不同的数据文件，存放位置也有区别。多数存储引擎的数据文件都存放在和MyISAM 数据文件位置相同的目录下，但是每个数据文件的扩展名却各不一样。
①“.frm”文件：与表相关的元数据（meta）信息都存放在“.frm”文件中，包括表结构的定义信息等。不论是什么存储引擎，每一个表都会有一个以表名命名的“.frm”文件。所有的“.frm”文件都存放在所属数据库的文件夹下面。
②“.MYD”文件：MyISAM 存储引擎专用，存放MyISAM 表的数据。每一个MyISAM 表都会有一个“.MYD”文件与之对应，同样存放于所属数据库的文件夹下和“.frm”文件在一起。
③“.MYI”文件：MyISAM 存储引擎专用，主要存放MyISAM表的索引相关信息。对于MyISAM存储来说，可以被cache的内容主要就是来源于“.MYI”文件中。每一个MyISAM表对应一个“.MYI”文件，存放位置和“.frm”以及“.MYD”一样。
④“.ibd”文件和ibdata文件：这两种文件都是存放Innodb数据的文件，因为Innodb数据存储方式能够通过配置来决定是使用共享表空间存放存储数据，还是独享表空间存放存储数据。
独享表空间存储方式使用“.ibd”文件来存放数据，且每个表一个“.ibd”文件，文件存放在和MyISAM 数据相同的位置。
如果选用共享存储表空间来存放数据，则会使用ibdata 文件来存放，所有表共同使用一个（或者多个，可自行配置）ibdata 文件。ibdata 文件可以通过innodb_data_home_dir 和innodb_data_file_path两个参数共同配置组成， innodb_data_home_dir 配置数据存放的总目录， 而innodb_data_file_path 配置每一个文件的名称。当然， 也可以不配置innodb_data_home_dir 而直接在innodb_data_file_path 参数配置的时候使用绝对路径来完成配置。innodb_data_file_path 中可以一次配置多个ibdata 文件。文件可以是指定大小，也可以是自动扩展的，但是Innodb限制了仅仅只有最后一个ibdata 文件能够配置成自动扩展类型。当我们需要添加新的ibdata 文件的时候，只能添加在innodb_data_file_path配置的最后，而且必须重启MySQL 才能完成ibdata 的添加工作。不过如果我们使用独享表空间存储方式的话，就不会有这样的问题，但是如果要使用裸设备的话，每个表一个裸设备，可能造成裸设备数量非常大，而且不太容易控制大小，实现比较困难，而共享表空间却不会有这个问题，容易控制裸设备数量。
主从文件
①master.info文件：存在于Slave端的数据目录下，里面存放了该Slave的Master端的相关信息，包括Master的主机地址、连接用户、连接密码、连接端口、当前日志位置、已经读取到的日志位置等信息。
②relay log和relay log index：
mysql-relay-bin.xxxxxn文件用于存放Slave端的I/O线程从Master端所读取到的Binary Log信息，然后由Slave端的SQL线程从该relay log中读取并解析相应的日志信息，转化成Master所执行的SQL语句，然后在Slave端应用。
mysql-relay-bin.index文件的功能类似于mysql-bin.index，同样是记录日志的存放位置的绝对路径，只不过他所记录的不是Binary Log，而是Relay Log。
③relay-log.info 文件：类似于master.info，存放通过Slave 的I/O线程写入到本地的relay log的相关信息。供Slave端的SQL 线程以及某些管理操作随时能够获取当前复制的相关信息。
其他文件
①系统配置文件：MySQL的系统配置文件一般都是“my.cnf”，Unix/Linux下默认存放在"/etc"目录下，Windows一般存放在“c:/windows”目录下面。
“my.cnf”文件中包含多种参数选项组（group），每一种参数组都通过中括号给定了固定的组名，如“[mysqld]”组中包括了mysqld服务启动时候的初始化参数、“[client]”组中包含着客户端工具程序可以读取的参数，此外还有其他针对于各个客户端软件的特定参数组，如mysql程序使用的“[mysql]”，mysqlchk使用的“[mysqlchk]”，等等。
②pid file：是mysqld 应用程序在Unix/Linux 环境下的一个进程文件，和许多其他Unix/Linux 服务端程序一样，存放着自己的进程id。
③socket file：也是在Unix/Linux环境下才有的，用户在Unix/Linux 环境下客户端连接可以不通过TCP/IP网络而直接使用Unix Socket来连接MySQL。