openslide安裝(windows10)

既然你看到這篇文章,那麼你肯定是要對全視野(whole slide image)圖像進行相關操作的。這種圖片太大了,容我在這裏先抱怨兩句,一張圖片最少一個G,誰的電腦受得了!有的圖片相當於一部高清的電影!煩

工慾善其事必先利其器,這裏先分享乾貨,一個是ASAP-1.9-win64.exe這個軟件,一個是openslide-win64-20171122.zip安裝包。我估計你應該知道這兩個軟件是幹啥的吧。

百度網盤鏈接:https://pan.baidu.com/s/1tzjvgK8Ynq6keFCnM2u4ow 
        提取碼:m9nl

openslide的安裝

注:嚴格按照下面的順序,不然容易出錯哦

  1. 安裝openslide的二進制文件,官網http://openslide.org/download/;如果你需要window 64位的,可以直接從我上邊分享的百度網盤鏈接裏下。下載完壓縮包,直接解壓就行。                                                                                                                                                           
  2. 配置環境變量。將上邊openslide文件夾中的bin、lib添加到PATH中,下邊的圖片是按我自己的路徑進行添加的,你的注意要變一下。                                     

  3. 安裝openslide,這裏注意,你需要知道pip安裝之後,openslide這個東西裝哪了?跟上邊的openslide二進制文件可不一樣哦。這個安裝的是openslide-python。不知道pip安裝到哪了可以百度或者留言                                                                                                                                                                      
    pip install openslide -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple  
    #後邊的-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 可以使你安裝的更快
    

     

  4. 別急着import openslide,很大概率會出錯。這裏要找到pip安裝的openslide文件下的lowlevel.py文件,添加如下代碼,並運行一下。注:別直接粘貼下邊的代碼,有要修改的地方
#D:/software/openslide-win64-20171122/bin改爲你自己解壓的openslide二進制文件下的bin文件夾絕對路徑。
import os
os.environ['PATH'] = "D:/software/openslide-win64-20171122/bin" + ";" + os.environ['PATH']   

想必,可能會找不到lowlevel.py這個文件 。我先說我的,我是用conda創建的虛擬環境,所以pip安裝在虛擬環境中了,而我的文件路徑如下圖所示。其實最簡單的方法就是到C盤或者D盤直接搜索lowlevel.py這個文件,不信你搜不到

 

如果嚴格按照這四步來安裝,恭喜你肯定已經成功了。 

參考文章:

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