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- 10數據導出Exporting data
- 11元數據Metadata
- 12數據篩選Filtering data
- 13訓練特徵分類器Training feature classifiers
- 14數據評估和質控Evaluating and controlling
- 15樣品分類和迴歸q2-sample-classifier
- 16縱向和成對樣本比較q2-longitudinal
- 17鑑定和過濾嵌合體序列q2-vsearch
- 18序列雙端合併read-joining
- 19使用q2-vsearch聚類OTUs
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易生信-擴增子教程
Webserver在線分析平臺
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- NAR:gcMeta——全球微生物組數據存儲和標準化分析平臺
- NAR:rrnDB-16S拷貝數校正數據庫
- METAGENassist幫你搞定宏基因組分析的圖形需求
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功能註釋數據庫
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分箱專題
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- 4向量、矩陣的數學運算
- 5控制結構
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- 8分解數據框split和查看對象str
- 9模擬—隨機數、抽樣、線性模型
ggplot2繪圖基礎系列:
- ggplot2高效實用指南 (可視化腳本、工具、套路、配色)
- ggplot2地理信息可視化 上 下
- 1初識ggplot2繪製幾何對象
- 2圖層的使用—基礎、加標籤、註釋
- 3工具箱—誤差線、加權數、展示數據分佈
- 4語法基礎
- 5通過圖層構建圖像
- 6標度、軸和圖例
- 7定位-分面和座標系
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- ggThemeAssist:鼠標調整ggplot2主題,不用再記這些代碼啦!
- 不需要懂得編程,但卻可以使用ggplot2畫出論文級別的圖?esquisse
高級統計繪圖:
- 50個ggplot2可視化案例
- R語言大會:宏基因組數據分析和可視化套路總結
- 28個實用繪圖包,總有幾個適合你
- 熱圖繪製
- 獲取pheatmap聚類後和標準化後的結果
- R做線性迴歸
- 繪圖相關係數矩陣corrplot
- 相關矩陣可視化ggcorrplot
- 繪製交互式圖形recharts
- 交互式可視化CanvasXpress
- 聚類分析factoextra
- LDA分析、作圖及添加置信-ggord
- 解決散點圖樣品標籤重疊ggrepel
- 添加P值或顯著性標記ggpubr
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- 堆疊柱狀圖各成分連線畫法:突出組間變化
- 衝擊圖展示組間時間序列變化ggalluvial
- 桑基圖riverplot
- 微生物環境因子分析ggvegan
- 五彩進化樹與熱圖更配ggtree
- 多元迴歸樹分析mvpart
- 隨機森林randomForest 分類Classification 迴歸Regression
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- circlize包繪製circos-plot
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實驗設計與技術
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- NBT:高通量測序16S及18S rRNA全長
- Microbiome:16S擴增子測序研究中定量變異和生物量影響
- Microbiome:擴增子檢測環境樣本單細胞真核生物和寄生蟲的新方法
- Rob Knight: PCR不需要做三個平行再混合!
基礎知識
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- 主流非聚類方法dada2,deblur和unoise3介紹與比較
- 排序方法比較大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
- Adonis和ANOSIM方法組間整體差異評估原理
- PCoA距離算法大全
- 二代測序數據統計分析中爲什麼是負二項分佈?
- 讀懂PCA和PCoA
- 宏基因組基礎知識梳理
- 功能基因多樣性研究概述
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- 環境因子關聯分析—CCA還是RDA
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文獻精讀
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- Nature: 來自細菌的通告——羣體感知效應
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- Cell:植物根系如何允許有益微生物定植的
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- NRM:人類微生物培養及培養組學culturomics
- NRM: 藍藻水華的形成機理及防治動態
- NRM: 擁抱未知-解析土壤微生物組的複雜性
- NRM: 追“根”溯源:植物根際的微生物生態
- NRM 關鍵物種對於微生物菌羣結構和功能的驅動作用
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- Nature綜述: 給醫生的菌羣分析指南上 下
- NC:南農沈其榮、張瑞福團隊揭示多樣性激發的確定性細菌裝配過程限制羣落功能
- NC:你覺得你吃的是草,其實你還是吃的土(遺傳發育所朱峯)
- NC:恢復菌羣多樣性或能降低耐藥性
- NC:蜜蜂腸道微生物的多樣性
- NC:應對乾旱 細菌崩了 真菌依然很穩(純網絡分析發Nature子刊)
- Nature子刊:南土所賈仲君組-稻田甲烷氧化的微生物機制
- PNAS: 乾旱延緩高粱根系微生物組的建成並富集革蘭氏陽性菌
- PNAS:人類皮膚微生物的獨特性和哺乳動物的系統發育共生現象
- Microbiome:野生哺乳動物的皮膚和腸道微生物對核污染的反應
- Microbiome:微生物在植物世代之間的旅程
- Microbiome:南農張瑞福團隊揭示放牧引起草原微生物組變化驅動土壤有機碳的轉化和生產力的提升
- MITRE:利用微生物組時間序列數據推斷與宿主狀態變化相關的特徵
- NAR:MicrobiomeAnalyst——統計、可視化微生物組數據
- Nature綜述:微生物的社交網絡 - 營養缺陷型如何塑造複雜羣落
- Nature綜述:優先效應在生命早期腸道微生物組形成中的作用
- Nat. Ecol. Evol.:不想當化學家的物理學家不是好的生物學家
- NM:微生物組數據系統發育分析的方法
- NM:全球污水處理廠細菌羣落揭祕!
- Cell綜述:人類腸道菌羣-從關聯到調控
- Cell :根部微生物跨界的互作促進擬南芥生存
- Cell:新方法PopCOGenT鑑定微生物基因組間的基因流動
- Cell:小基因開啓微生物組研究新領域——大規模鑑定微生物基因組編碼的小蛋白質
- Cell子刊:人類微生物組參考基因集中的單體基因
- 腸菌亦“醉”人 | 中國團隊登Cell子刊,發現60%的非酒精性脂肪肝與腸道菌有關,攜帶者體內酒精可達健康人4-6倍
- CHM綜述-建立因果關係:合成菌羣在植物菌羣研究中的機會
- CHM:根瘤菌微生物羣落的模塊化特徵及其與共生根瘤菌的進化關係
- CHM:成年同卵雙胞胎的病毒組多樣性與腸道微生物組多樣性相關
- MP綜述:植物-微生物互作的系統生物學
- PC:對菌羣影響藥效和毒性的全面總結
- ISME:病原菌介導植物根際有益微生物羣落組裝
- ISME:菌根真菌菌絲分泌物中的果糖作爲信號激發解磷細菌活化植酸
- ISME:微生物生態學中的挑戰:建立對於羣落功能與動態的預測性認識
- FEMS綜述: 如何從微生物網絡中的“毛線球”理出頭緒
- FM:大熊貓的腸道菌羣可能並沒有特化出發酵纖維素的能力
- NC:免疫組庫高通量分析工具:IGoR——更精確剖析免疫組庫
- TEE綜述:植物—土壤反饋(PSF):自然和農業科學間的橋樑
- MER:系統瞭解宏組學實驗與分析
- Microbiome:中科院遺傳發育所揭示植物發育和氮肥共同作用下的小麥根系微生物組
- Microbiome:土壤微生物羣落對有機和無機土壤改良劑和細菌入侵的恢復力
- Microbiome:NGLess語言實現快速可重複分析宏基因組的流程NG-meta-profiler
- Molecular Plant:微生物跨界平衡維持植物健康
- 淡水:21世紀的分子微生物生態學
- NewPhy.-揭祕優勢種dominant species
- ARM:植物微生物組的生態學與進化
- COB:自然界的循環利用-厭氧微生物羣落推動着自然生物質的降解
- PNAS:問微生物羣落演替之隨機性與確定性過程-誰主沉浮
- SBB:南土所褚海燕組-pH主導土壤中固氮羣落的共存與裝配
- BT:關鍵胞外酶觸發了細菌羣落演替偶聯的高效堆肥
- PB:玉米氣生根分泌物支持的高效生物固氮
- ISME:高手開槓-‘1%的微生物可培養’到底爲哪般?
- Viruses:病毒宏基因組學揭示馬來亞穿山甲受仙台病毒和冠狀病毒的侵染
- SBB:土壤微生物羣落的特徵究竟由什麼決定
文章泛讀
- Nature破解癌王生長關鍵:真菌由腸道入侵胰腺,定植增加3000倍,富集Malassezia菌
- Nature:腸道菌如何影響大腦,幫助消除恐懼相關的行爲
- Nature:微生物的膽汁酸代謝物調節宿主腸道特異Treg細胞的穩態
- Nature專題:腸道菌羣研究的現在和未來
- NBT|利用血液代謝組預測腸道微生物組的多樣性
- NBT:利用細胞甘油三酯存儲提高鏈黴菌中聚酮類化合物的效價
- Science:比較基因組揭示銀邊魚應對捕魚行爲的表型進化機制
- Science評論|只需加一種菌,番茄不僅抗鹽脅迫還提高65%產量!
- Science:微生物組“淘金熱”,從人體中發現新型抗菌劑
- Nature Plants: 中科院微生物所郭惠珊研究組揭示土傳病原菌逃避寄主免疫的新機制
- Nature綜述:如何獲得理想的微生物組
- Science:病原菌激活植物內生菌羣的抑病功能
- Cell:絕對異養型生物改造成完全自養型生物
- Nature:在人類腸道營菌羣中發現獲得性細菌防禦基因
國刊之光
綜述精選
- Science:綜述腸道菌羣如何影響社交行爲
- Science: 微生物組是宿主新興表型的來源
- NRM:工程微生物組的通用原則和最佳實踐
- Ecology&Evolution|微生物功能多樣性從概念到應用
- COM:下一代微生物組技術在作物生產中的應用——侷限性以及基於知識的解決方案的需求
- COM:病原體之外-微生物組與植物免疫系統的相互作用
國同重要成果新聞稿
- CHM:中山大學李劍峯組揭示植物利用細菌獲得真菌抗性
- Cell Research:華農解析水虻基因組圖譜和腸道微生物組降解規律
- EST:李芳柏團隊揭示微生物介導的砷氧化耦合硝酸還原
- Mol Plant |中科院微生物所郭惠珊組和中科院上海植物逆境中心段成國組合作揭示油菜生長與免疫動態調節的新機制
- NC:瀋陽生態所揭示病原真菌和昆蟲對溫帶森林木本植物物種共存的重要作用
科普視頻-寓教於樂
- Nature點評丨超乎你想像,打噴嚏的飛沫竟然能飛這麼遠!戴口罩防新型肺炎非常有必要!
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科普圖文
原創
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漫畫科普
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其它
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學習16S擴增子、宏基因組科研思路和分析實戰,關注“宏基因組”