最近，嘗試用ubuntu編譯NAMD，由於以前對NAMD完全未接觸過，也不懂該專業的相關知識，因此作爲一個外行人嘗試編譯NAMD，這裏記錄一下粗略過程：
1.首先，需要搭建MPI並行環境：http://blog.csdn.net/xiaoqiangqiangjie/article/details/53079181。
2.從官網下載source code，http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=NAMD，建議下載穩定版本的source code，而不是Nightly Build版本（日日更新版本）。
3.根據官方的教程，選擇mpi版本的編譯教程手冊，http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.12b1/notes.html#compiling，從Compiling NAMD處開始跟着做，注意選擇MPI版本的編譯教程。
4.編譯好之後，運行程序便是：NAMD_2.12b1_Source/Linux-x86_64-g++/namd2，運行時同其它的MPI程序一樣，使用命令：mpiexec -n 8 -f nodelist namd2 con.conf，其中,nodelist是包含各個主機地址CPU信息的文件，con.conf是NAMD輸入需要的配置文件。總之，就是同其它的MPI程序一樣運行 NAMD_2.12b1_Source/Linux-x86_64-g++文件夾中的namd2即可。
5.VMD下載，此處不是自己編譯VMD，而是安裝已經編譯好的VMD（自己編譯時失敗），編譯好的VMD下載地址：http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD，下載LINUX_64 OpenGL, CUDA版本的即可（64位機器），或者LINUX OpenGL, CUDA （32位機器）
6.安裝VMD：進入vmd-1.9.2，運行：./configure LINUXAMD64（64位）或./configure LINUX（32位），直接運行./configure會提示的，然後進入src目錄，運行：make install，安裝完成後，運行：vmd測試。
至此，NAMD和VMD的安裝過程完畢。