【無機納米材料科研製圖——OriginLab 0204】Origin細胞存活率柱狀圖繪製

       此篇,我們來分享一個設計到生物實驗的重要製圖,就是細胞的存活率柱狀圖。

 

一、柱狀圖繪製

       1)準備數據。

       一般,我們使用MTT法測細胞的生存率時,需要測試多個濃度下(此篇設定了對照組0和濃度分別爲31.25、62.5、125、250、500 μg/mL的細胞)的細胞存活率,而爲了提高檢測準確性和穩定性,每個濃度的細胞在96孔板中要測三個孔。而酶標儀的原理是通過檢測穿過每個孔的單色光的光信號變化,並經過一系列的算法還原出一個光密度值OD,來體現單個孔中的細胞相對數量。因而,下圖中我們自主設定了六個濃度的細胞,且每個濃度有三個孔的光密度值。

       2)計算均值和標準差。

       因爲我們最後的柱狀圖是以每個濃度下三個數據的均值爲主製圖,而三個數據的標準差作爲誤差標記出每個柱的誤差棒,因而,需要計算每個濃度下數據的均值和標準差。那麼,Origin作爲一個數據分析和繪圖軟件,當然爲我們配備了這樣的功能。如下圖所示步驟操作,再選定三個Y列之後,打開描述性統計對話框。

       由於已經提前選好了數據範圍,所以直接點擊確定即可。

       如下圖所示,點擊確定後,新產生的兩列數據就是前面每個濃度下數據的均值和標準差。

       3)嘗試製圖。

       如下圖所示,在做柱狀圖前先更改下均值的幾個名稱。

       接着,選中A(X)、Mean(Y)、SD(yEr?這三列之後,點擊Plot——》Column/Bar/Pie——》Column即可繪製柱狀圖。

       如下圖所示,柱狀圖的效果不是很理想,因爲每個柱子位於實際座標位置因而間距不均勻。

       4)替換橫座標數值。

       現在,重新添加三列數據,第一列爲X屬性,數據爲1到6,第二列和第三了分別爲複製前面的均值和標準差。注意,第二列的屬性要設置爲Y,而第三列要設置爲Y Error。

       同時框選新添加的三列數據,然後繪製Column柱狀圖。可以看到,現在各柱間距是相等的,然後,我們準備將當前的橫座標替換爲0 31.25 62.5 125 250。

       雙擊橫座標值,會自動彈出到Tick Labels分頁,在Display子分頁中,將Type類型改爲Tick-indexed dataset座標索引數據集,然後在Dataset Name中選擇表格第一列,即A"Concentation"。

       確定之後,如下圖所示,橫座標已經替換爲了正確的細胞濃度。

 

二、柱狀圖優化

       1)更改柱體顏色。

       這裏必須雙擊柱體的邊框,才能打開繪製細節的修改面板。在Pattern圖案分頁下,主要有兩種修改對象,一個是Border邊框,一個是Fill填充。看到這裏,熟悉Office的同學應該能感覺到,這邊框和填充是Word和PPT中對圖案的常用修改模式。下圖中,我們將柱體的填充顏色改爲了紅色。而對於其他的可改項,大家可自行嘗試。

       2)更改柱間距。

       將製圖細節面板切換到Spacing空間分頁,可修改柱間距(其實是ErrorBar誤差棒的間距,因爲棒在柱的中間,所以用Gap Between Bars描述起來更準確)。如圖所示,我們將原先默認的20%增加到了40%,可以看到柱間距明顯增大了一些,看起來更舒適。

       3)可更改Error Bar。

       雙擊圖中的Error Bar可打開對誤差棒的修改面板,或是將Layer1中的選項切換到第二個,也可打開此面板。大家可自行嘗試對Error Bar的一些修改。

       4)單獨修改柱體填充顏色。

       首先 ,要改變單個柱體的填充顏色,就要先單獨將其選中。對於Column類型的圖,想要單獨選中,需要按住ctrl鍵,然後鼠標點擊某個柱體纔行。

       接着,再雙擊已被選中的柱體,即可打開對其細節單獨修改的面板。如下圖所示,細節面板左側的層次圖中多出了一個2的數據,這正是我們所單獨選取的柱體。而分頁選項中,已經缺少了Spacing,這是理所應當的,因爲對於單個物體談何相距。下圖中,我們已將第二個柱體的顏色改爲了橙色。

 

三、柱狀圖歸一化。

       還有一件事沒有完成,即細胞活性的縱座標單位是百分比,因此,對比組的細胞生存率應該調整爲100%,相應的,其他列的數據也要以相同倍數調變。

       1)打開Set Values面板。

       選中需要改變數據的一列,然後右鍵,再彈出的選項列表中選擇Set Column Values,即設置列值。

       2)填寫函數腳本。

       將會話框中的函數補全爲Col(F)/0.95*100,點擊Apply後,即可將對照組的細胞存活率調整爲100%,而其他不同濃度的細胞存活率也以相應的倍數放大。

       同樣的,Error Bar中的數據也要以相同的倍數改變 。此時,注意所寫函數要與實際列相對應,即Col(G)=Col(G)/0.95*100。

       此時,再看柱狀圖,結果便不一樣了(改變數值後,原圖可能會容納不下新的柱體,因此需要適當調整縱座標範圍)。另外,從下圖中也可看出,Book的第四個參數F(x)=也付出水面了,這裏是顯示我們補寫函數的地方。

 

四、總結

       回顧,此篇我們用到的功能有:描述性統計輔助計算均值和標準差、柱狀圖製圖、橫座標數值替換、更改柱體顏色、更改柱間距、更改誤差棒、單獨修改柱體顏色、函數腳本更改列值。

 

 

 

       

 

 

 

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