Ubuntu安裝醫學圖像處理庫openslide-python和pyvips

使用python處理svs格式的醫學圖像需要特定庫的支持,常見的選擇有openslide和pyvips.

1. 安裝openslide

Ubuntu上安裝openslide可以參考此處,使用

pip install openslide-python==1.1.1

其中,使用什麼版本安裝可以參考Openslide官網鏈接.

但是安裝後如果直接在Python中import openslide可能會報以下錯誤：

OSError: libopenslide.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory

此時可以使用安裝缺失的庫文件：

sudo apt install python-openslide

2. 安裝pyvips

同樣，在linux上安裝pyvips時也需要分別安裝庫文件和接口文件:

pip install pyvips
sudo apt install libvips