显卡加速自从在分子模拟开始使用以来，大大加速了分子力学的模拟速度，引sob大提到的观点“一个家用高端四核处理器加上一张消费级显卡（如RTX2060）就可以超过20核双路服务器”。
这里给出一些关于分子模拟如何最大化使用显卡加速的建议。搬运自amber官网（http://ambermd.org/gpus12/），原则上只适用于amber的pmemd，不过分子模拟的算法大多类似，也可以迁移到gromacs之类的软件
1、避免使用较小的NTPR，NTWX，NTWV，NTWE和NTWR值。 过于频繁地写入到输出、重启和轨迹文件会损害在CPU运行时的性能，这对于GPU加速模拟来说更为严重，因为向GPU复制数据和从GPU复制数据需要大量成本。通过在尽可能多地在GPU上计算，仅在绝对必要时复制回CPU内存则可以实现性能最大化，也就是所谓CPU到GPU内存同步的最小化 。 同时这也保证了仅在绝对必要时才计算能量，从而减少计算开销，反之将NTPR或NTWE设置为低值将导致过多的能量计算。 最好不要将这些值中的任何一个设置为小于100的数（除了用0以禁用它们的情况），并且理想情况下使用500或更多的值，比如 NTWR> 100000是一个理想的设定。
2、避免设置ntave / = 0。设置打印运行平均值意味着需要计算每一步的能量和力，这对纯CPU计算来说代价还不太大，但在GPU上运行时这可能导致性能损失8％或更多。 类似的，你也应该将ene_avg_sampling的值设置为较小的值。
3、尽可能避免避免使用NPT系综（NTB = 2）。 几种系综的模拟速度一般为NVE≈NVT> NPT。 然而，对于显式溶剂模拟，我们始终需要运行至少一些NPT以使密度平衡。不过一旦完成密度平衡，通常可以切换回NVT进行模拟。
4、除非需要，否则应避免在隐式溶剂GB模拟中使用GBSA。 GBSA关键字是在CPU上计算的，因此在每个MD步骤上GPU和CPU的内存之间需要进行同步。关闭此选项的话只有在每个NTPR或NTWX步骤才需要进行内存同步。
5、使用Berendsen恒温器（ntt = 1）或Anderson恒温器（ntt = 2）代替Langevin恒温器（ntt = 3）。 Langevin模拟需要非常大量的随机数，这会略微降低性能。
6、不要认为对于小型系统GPU总是会更快。 通常，对于少于150个原子的GB模拟和少于9,000个原子的PME模拟，CPU版本在单个节点上的性能优于GPU版本的情况并不罕见。 一般来说GPU和CPU运行之间的性能差异将随着原子数的增加而增加。此外，使用的非键截断越大，GPU相对纯CPU计算性能的提升就越好。 -
7、跨多个GPU并行运行时，不要尝试共享节点互连。 例如，你应该避免在单个节点上运行2个单独的MPI作业。假设你有2个节点，每个节点都有一个QDR IB卡，1个C2050和1个C1060，如果你尝试在2个C2050上运行双GPU作业，在另外2个C1060上运行第二个双GPU作业，则性能可能会非常差。 在并行运行时混合不同型号GPU也是不可取的。 在这种情况下，建议将两张C2050放在一个节点中，两张C1060放在另一个节点中。
8、并行运行以获得最佳性能时，应使用最新的互连技术。 在撰写本文时，最新的技术是第2代QDR IB。你还应确保设置GPU Direct支持（Mellanox IB卡），取决于计算作业，这通常会提高10％到25％的性能。理想情况下，你还应确保所有GPU卡和infiniband卡都在完整的x16插槽中，这意味着它们将作为x16插槽进行电气连接，而不是那种看上去是物理x16但实际上分成多个插槽以兼容x8或x4插槽的接口。（提防像戴尔8路break out boxes这样的垃圾）
9、关闭ECC纠错(C2050 and later)。ECC可能会使性能损失高达10％并且会损害并行扩展。 你应该在尝试之前验证你的GPU是否正常工作，并且没有给出ECC错误。 你可以在Fermi（或更高）架构的显卡上关闭此功能，然后以root身份为每个GPU ID运行以下命令，然后重新启动：
nvidia-smi -g 0 --ecc-config=0 (repeat with -g x for each GPU ID)
我们已经在各种硬件上对AMBER进行了广泛的测试，证明了ECC对AMBER分子模拟的可靠性几乎没有任何好处，这也是我们推荐在GeForce游戏显卡上进行AMBER分子模拟的部分原因。 -
10、如果你的显卡支持，打开GPU Boost。NVIDIA的新款GPU如K40支持GPU Boost，如果供电和散热允许，可以提高显卡频率。 打开GPU Boost的命令：
sudo nvidia-smi -i 0 -ac 3004,875 它将设备0置于最高升压状态。
返回正常状态: sudo nvidia-smi -rac
在没有root权限下打开Boost: nvidia-smi -acp 0