轉自：http://www.plob.org/2012/07/31/3013.html
做基因組數據分析，可能經常從NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA數據庫下載高通量的數據，動輒幾十G的數據用wget下載實在太糾結，這時就要用到神器-Aspera了。
使用Aspera，最簡單的方法當然就是使用瀏覽器插件Aspera Connect了，跟迅雷、Flashget的用法差不多，直接單擊Aspera支持的下載地址，就自動切換到Aspera的窗口開始下載了。
當我們登錄到自己的服務器終端裏面的時候，可能更希望在終端裏直接下載數據，而不是先把數據下載到自己的硬盤裏，再上傳到服務器，這種情況下帶有窗口界面的Aspera Connect就無法使用了嗎？
當然可以，Aspera Connect安裝包裏內置了Aspera的命令行工具，這裏對其安裝和使用方法簡要介紹一下:
安裝
首先，到aspera網站下載你的操作系統對應的aspera connect。(如果選Linux，下載以後會是一個幾M大，內嵌二進制代碼的shell腳本。。) 。不需要root或者sudo權限，直接安裝之：
$ sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh
安裝好以後，會在HOME目錄下新建一個叫.aspera的目錄，有兩個文件比較重要:
一個是ascp的可執行文件:
~/.aspera/connect/bin/ascp
另一個ascp的密鑰文件:
~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty
建議將密鑰備份到HOME目錄下方便使用:
$ cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty ~/
再把aspera-license複製到系統目錄
~/.aspera/connect/etc$ sudo cp aspera-license /usr/local/bin/
再把ascp可執行文件的路徑加入PATH變量中，或者將其拷貝到當前目錄。
使用
執行以下兩條命令(注意最後要加點號“.”，表示當前目錄)
從EBI下載:
$ ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.putty [email protected]:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff
從NCBI下載:
$ ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.putty [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/litesra/SRR/SRR096/SRR096072/SRR096072.lite.sra .
這個時候的速度相比於wget，應該已經很快了，大約能達到9Mb/s以上，如果還嫌慢，可以在-i 參數的前面添加幾項設置，像這樣:
ascp -QT -l 100M -i ~/asperaweb_id_dsa.putty [email protected]:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff
這樣可以將速度提高到20Mb/s左右，偶爾能達到100Mb/s。
ascp下載地址的獲取
以EBI上的SRR346368這套數據爲例。首先到EBI頁面裏，找到你想要下載的文件，將指針移到這個文件的”ftp”這一列，即可看到其ftp地址，例如:
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR346/SRR346368/SRR346368.fastq.gz,
然後呢:將 ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk 換成 [email protected]即可:
$ ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.putty [email protected]:/vol1/fastq/SRR346/SRR346368/SRR346368.fastq.gz .
NCBI的SRA數據庫也是同樣的方法，即可獲取其ascp下載地址。
小技巧
如果嫌每次都輸入密碼太麻煩，可以在命令行或.profile中設置ASPERA_SCP_PASS這個環境變量：
export ASPERA_SCP_PASS=你的aspera密碼
即可。
更多的說明
請參見官方的SRA下載手冊:
NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/
EBI: http://www.ebi.ac.uk/ena/about/sra_data_download
附上自己下載數據的小心得，我本來打算從GEO下載數據，但是下載下來的都是SRA格式的，於是直接去EBI下載fastq的數據，雖然前者解壓以後就能得到fastq文件，但是後者能剩下一些步驟，原來的wget在服務器上下載的速度最多1m/s，採用aspera以後直接飆升到9.7m/s，效果很是不錯，還有如果apresa沒有安裝好的話就要進行下載，就會提示相關文件找不到（一般是要輸入密匙，這個明顯是多餘的，因爲原來就有密匙文件，建議把密匙文件保存在用戶目錄），其他沒什麼了，祝好運