新版windows下的NDK已經不需要Cygwin作爲基本環境了。
詳細的步驟可以參考官網的文檔：
http://tools.android.com/recent/usingthendkplugin
我試了一下，很方便，也不需要去命令行敲命令，直接在eclipse中就都搞定了。
基本步驟如下：
下載安裝JDK。
下載安裝Android SDK 和 NDK。
下載indigo版eclipse，先安裝CDT插件，建議直接下載集成了CDT的eclipse。
安裝android eclipse ADT插件，安裝過程中，插件的組件全部選擇安裝。
Eclipse -> Window -> Preferences -> Android -> 設置Android SDK路徑
Eclipse -> Window -> Preferences -> Android -> NDK ->設置Android NDK路徑
新建Android項目，然後在項目處點擊鼠標右鍵選擇Android Tools -> Add native support。
如果需要斷點調試C/C++代碼：
在項目處點擊鼠標右鍵選擇properties -> C/C++ Build
設置Build Command的值爲ndk-build NDK_DEBUG = 1