娛樂版HLA分型網頁升級了

之前做了一個簡單的網頁,使用23andme格式+snp2hla軟件獲得hla分型數據,當然準確性不咋的,也就玩玩,上線後爲大約100+人提供了服務,這是伯值得驕傲的事,因爲第一次能爲大家提供服務。代碼我是放在了gitHub的,數據是腳本處理完後自動刪除。看網頁是不是有點眼熟,這是谷歌中國網頁框架,直接搬來的。

2020.6.20更新了合併後的參考數據集,據論文說準確度有一定程度提高,歡迎測試交流!放在了另一個南京的騰訊雲服務器,地址:https://dna.zd200572.com/hla/

    

2020.2.12修復完成!再次提醒,娛樂水平,請勿用於其他用途,不做任何保證和承擔任何責任。如果你的HLA分型比較罕見,那麼準確率將低到離譜,也就是說如果你的祖源比較特別的話,不推薦使用。

2020.2.11發現運行腳本故障,緊急修復中。由於本人幾乎沒有前端和後臺水平,所以應用相當簡陋,請諒解。請把數據命名爲郵箱地址.txt,如[email protected]    請選擇並上傳你的芯片數據文件(及擴展數據,可選)即可完成HLA分型。使用的建站gcloud進行的,配置只有單核1.6G,HLA分型器會耗時30min左右,請耐心等待,結束後以結果以郵件形式發送到你的郵箱.  

其他公司格式轉換工具,這裏推薦一個:http://joshua.galaxy.42dna.com/wgto23/

怎麼樣,有沒有興趣做一下基因檢測,看下自己的HLA分型呢?閱讀原文是新版本地址,舊版正常服務,可以對比下哪個結果好。

這是之前網頁的信息:

  • 是採用大神開發的snp2hla進行分型的,具體過程可參考我的博客:https://jiawen.zd200572.com/431.html
    snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所開發的,通過snp分型數據來獲得HLA分型信息的軟件。它的準確度主要依賴於一個儘可能大的,針對特定民族人羣的參考數據集。這個網頁採用的是2014年發表的東亞人羣的參考數據集,部分準確度約爲80%。由於不同芯片的數據中HLA區域位點的數目不同,可能獲得的結果有n多候選,請悉知。下圖是參考數據集的人數與各個基因座準確度的關係,可以看出,在400人左右的參考數據集時(這個網頁採用的),準確度因基因座不同而不同。

  • 做這個純屬個人愛好,原始數據和結果將在得出結果後刪除。也可以按軟件說明自己搞,也挺簡單的。

  • 又做了個R版本的,方法和準確度有區別,可以參考下,現在只能使用23andme數據,其他公司格式建議使用轉換工具轉成23andme格式後使用https://shiny.zd200572.com/HLA-HIBAG

發表評論
所有評論
還沒有人評論,想成為第一個評論的人麼? 請在上方評論欄輸入並且點擊發布.
相關文章